| MirGeneDB ID | Snu-Mir-1994-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1994 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Peanut worm (Sipunculus nudus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Snu-Mir-1994-P6 Snu-Mir-1994-P7 Snu-Mir-1994-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cte-Mir-1994 Dgr-Mir-1994 Efe-Mir-1994 Llo-Mir-1994 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | S. nudus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_026874595.1_ASM2687459v1_Sipunculus_nudus) |
CM049320.1: 15732440-15732501 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1994-P5) |
Mir-1994-P8
CM049320.1: 15729545-15729601 [-]
Mir-1994-P7 CM049320.1: 15730544-15730600 [-] Mir-1994-P6 CM049320.1: 15731518-15731575 [-] Mir-1994-P5 CM049320.1: 15732440-15732501 [-] |
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| Seed | GAGACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGCGAUCCUAGCUGAUUCGGUCACAUGAUGCGGGAUGACUCGCUCGUCUCCAUGAUUCAUAAAUAUUCAUGAGACAGUGUGUCCUCCCGUCAUCACGUGAACCUGACGUCAUCAAAUGCACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGCGAUCCUAGCUGAUUC- - A -| U U C C GAUUCAU GG UCAC UGAUG CGGGA GAC CGCU GUCUC AU \ CC AGUG ACUAC GCCCU CUG GUGA CAGAG UA A CCACGUAAACUACUGCAGU A C U^ C U - - CUUAUAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Snu-Mir-1994-P5_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGGAUGACUCGCUCGUCUCCAU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Snu-Mir-1994-P5_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGAGACAGUGUGUCCUCCCGUCA -62
Get sequence
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