MirGeneDB ID | Snu-Mir-1994-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1994 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Peanut worm (Sipunculus nudus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Snu-Mir-1994-P5 Snu-Mir-1994-P6 Snu-Mir-1994-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cte-Mir-1994 Dgr-Mir-1994 Efe-Mir-1994 Llo-Mir-1994 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | S. nudus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_026874595.1_ASM2687459v1_Sipunculus_nudus) |
CM049320.1: 15730544-15730600 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1994-P7) |
Mir-1994-P8
CM049320.1: 15729545-15729601 [-]
Mir-1994-P7 CM049320.1: 15730544-15730600 [-] Mir-1994-P6 CM049320.1: 15731518-15731575 [-] Mir-1994-P5 CM049320.1: 15732440-15732501 [-] |
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Seed | GAGACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUAUACCUUUAAGAUAUGGUUCUGUUUUCCGGGGAACAAGCUUGCCUCGUUUUCGAUUUUUUAAUGAGACAGCGUGUCCUCCCGUGGAACGGAACUUGAAAUAUCAACCACCAUGUCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AUAUACCUUUAAGAUAU---- UC -|A A U C UUCGA GGUUCUGUUU CGGG G ACA GCU G CUCGUU \ UCAAGGCAAG GCCC C UGU CGA C GAGUAA U CUGUACCACCAACUAUAAAGU GU U^C G - A UUUUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Snu-Mir-1994-P7_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGGGAACAAGCUUGCCUCGUU -21
Get sequence
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Mature sequence | Snu-Mir-1994-P7_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- UGAGACAGCGUGUCCUCCCGUGG -57
Get sequence
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