MirGeneDB ID | Cte-Mir-1994 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-1994 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cte-mir-1994 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-1994-P1 Agr-Mir-1994-P2 Dgr-Mir-1994 Eba-Mir-1994-P1 Eba-Mir-1994-P2 Efe-Mir-1994 Esc-Mir-1994-P1 Esc-Mir-1994-P2 Hru-Mir-1994-P1 Hru-Mir-1994-P2 Lan-Mir-1994-o1a Lan-Mir-1994-o1b Lan-Mir-1994-o2a Lan-Mir-1994-o2b Lgi-Mir-1994-P1 Lgi-Mir-1994-P2 Lhy-Mir-1994-P1 Llo-Mir-1994 Mgi-Mir-1994-P1 Mgi-Mir-1994-P2 Mom-Mir-1994-P1 Mom-Mir-1994-P2 Npo-Mir-1994-P1 Npo-Mir-1994-P2 Obi-Mir-1994-P1 Obi-Mir-1994-P2 Ofu-Mir-1994-P9 Ofu-Mir-1994-P10 Ovu-Mir-1994-P1 Ovu-Mir-1994-P2 Pau-Mir-1994-o3 Pau-Mir-1994-o4 Pve-Mir-1994-P1 Pve-Mir-1994-P2a Pve-Mir-1994-P2b Rph-Mir-1994-P1 Rph-Mir-1994-P2 Snu-Mir-1994-P5 Snu-Mir-1994-P6 Snu-Mir-1994-P7 Snu-Mir-1994-P8 War-Mir-1994-P1 War-Mir-1994-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_194: 66138-66207 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUCCUGGGAUUUCACUGAGCGGUUGUGCAUCGGGUGGAAGCGCUGUCUGCACCGGAUAUCCGGAUUGUAUCCGUCCGUUGAGACAGUGUGUCCUCCCUCUGGACGCCGUUCACUCUCAGCAUAGUCAUCUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AUCCUGGGAUUUCACUG---| U G UC U A G C GGAUAUCCGGA AGCGGU GU CA GGG GGA GCGCUGUCU CA C \ UUGCCG CA GU CCC CCU UGUGACAGA GU G U UCUACUGAUACGACUCUCAC^ - G CU U G - U CCUGCCUAUGU . 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cte-Mir-1994_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGGGUGGAAGCGCUGUCUGCACC -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cte-Mir-1994_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0009702 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
48- UGAGACAGUGUGUCCUCCCUCU -70
Get sequence
|