| MirGeneDB ID | Pau-Mir-1994-o3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-1994 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Horseshoe worm (Phoronis australis) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pau-Mir-1994-o4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cte-Mir-1994 Dgr-Mir-1994 Efe-Mir-1994 Llo-Mir-1994 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | P. australis | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Lophotrochozoa | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Phoronis_australis_GCA_002633005) |
NMRA01000271.1: 209561-209618 [+] Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1994-o3) |
Mir-1994-o3
NMRA01000271.1: 209561-209618 [+]
Ensembl
Mir-1994-o4 NMRA01000271.1: 213955-214012 [+] Ensembl |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAGACAG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAUUAUCAACCUCAAACUGCGUUUAUAUGAGGGCGGUCAGGCUGAGCUCGUGUGGAUGAGCGCCAUGAGACAGUAUGUCCUCCCUAAUGUAAGCACGGAUCAAUCAACGUGGGUUGGGet precursor sequence |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UGAUUAUCAACCUCAAA--| C G C U G AG UGGAU CUG GUUUAUAU AGGG GG CA GCUG CUCGUG \ GGC CGAAUGUA UCCC CC GU UGAC GAGUAC G GGUUGGGUGCAACUAACUA^ A A U U A A- CGCGA 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | It is unclear how the two paralogues of Mir-1994 in the phoronid and the brachiopod relate to either one another or the two paralogues in molluscs and are hence considered orphans pending further data. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Pau-Mir-1994-o3_5p* (predicted) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGGCGGUCAGGCUGAGCUCGUG -23
Get sequence
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Pau-Mir-1994-o3_3p (predicted) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UGAGACAGUAUGUCCUCCCUAA -58
Get sequence
|
