| MirGeneDB ID | Pau-Mir-1994-o3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1994 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Horseshoe worm (Phoronis australis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pau-Mir-1994-o4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cte-Mir-1994 Dgr-Mir-1994 Efe-Mir-1994 Llo-Mir-1994 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | P. australis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Phoronis_australis_GCA_002633005) |
NMRA01000271.1: 209561-209618 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1994-o3) |
Mir-1994-o3
NMRA01000271.1: 209561-209618 [+]
Ensembl
Mir-1994-o4 NMRA01000271.1: 213955-214012 [+] Ensembl |
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| Seed | GAGACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAUUAUCAACCUCAAACUGCGUUUAUAUGAGGGCGGUCAGGCUGAGCUCGUGUGGAUGAGCGCCAUGAGACAGUAUGUCCUCCCUAAUGUAAGCACGGAUCAAUCAACGUGGGUUGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGAUUAUCAACCUCAAA--| C G C U G AG UGGAU CUG GUUUAUAU AGGG GG CA GCUG CUCGUG \ GGC CGAAUGUA UCCC CC GU UGAC GAGUAC G GGUUGGGUGCAACUAACUA^ A A U U A A- CGCGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | It is unclear how the two paralogues of Mir-1994 in the phoronid and the brachiopod relate to either one another or the two paralogues in molluscs and are hence considered orphans pending further data. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pau-Mir-1994-o3_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGGCGGUCAGGCUGAGCUCGUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Pau-Mir-1994-o3_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UGAGACAGUAUGUCCUCCCUAA -58
Get sequence
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