| MirGeneDB ID | Rph-Mir-1994-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1994 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Japanese carpet shell (Ruditapes philippinarum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Rph-Mir-1994-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-1994-P1 Cte-Mir-1994 Dgr-Mir-1994 Eba-Mir-1994-P1 Efe-Mir-1994 Esc-Mir-1994-P1 Hru-Mir-1994-P1 Lan-Mir-1994-o1a Lan-Mir-1994-o1b Lgi-Mir-1994-P1 Lhy-Mir-1994-P1 Llo-Mir-1994 Mgi-Mir-1994-P1 Mom-Mir-1994-P1 Npo-Mir-1994-P1 Obi-Mir-1994-P1 Ovu-Mir-1994-P1 Pve-Mir-1994-P1 War-Mir-1994-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Mollusca | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Ruditapes_GCA_009026015) |
CM018530.1: 33665252-33665312 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1994-P1) |
Mir-1994-P1
CM018530.1: 33665252-33665312 [+]
Ensembl
Mir-1994-P2 CM018530.1: 33665598-33665657 [+] Ensembl |
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| Seed | GAGACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGAAUGAUACGCAUUUAAGGAGUGAAUCACGGGGCGACACCCUCGUCUCCAUGCCAUUCAAACAAGCAUGAGACAGUGUGUCCUCCCAUGAAUCGCUUUCGUUAUCAUCAUCAAUACAACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGGAAUGAUACGCAUUUAA--| A C C C C C CCAUUC GGAGUGA UCA GGGG GACAC CU GUCUC AUG \ UUUCGCU AGU CCCU CUGUG GA CAGAG UAC A CAACAUAACUACUACUAUUGC^ A A C U - - GAACAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Rph-Mir-1994-P1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGGGCGACACCCUCGUCUCCAUG -24
Get sequence
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| Mature sequence | Rph-Mir-1994-P1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGAGACAGUGUGUCCUCCCAUG -61
Get sequence
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