MirGeneDB ID | Mgi-Mir-1994-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1994 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Pacific oyster (Magallana gigas) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mgi-Mir-1994-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-1994-P2 Cte-Mir-1994 Dgr-Mir-1994 Eba-Mir-1994-P2 Efe-Mir-1994 Esc-Mir-1994-P2 Hru-Mir-1994-P2 Lan-Mir-1994-o2a Lan-Mir-1994-o2b Lgi-Mir-1994-P2 Llo-Mir-1994 Mom-Mir-1994-P2 Npo-Mir-1994-P2 Obi-Mir-1994-P2 Ovu-Mir-1994-P2 Pve-Mir-1994-P2a Pve-Mir-1994-P2b Rph-Mir-1994-P2 War-Mir-1994-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Mollusca | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (CGI_GCA_000297895.1) |
scaffold950: 63808-63866 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1994-P2) |
Mir-1994-P2
scaffold950: 63808-63866 [-]
Ensembl
Mir-1994-P1 scaffold950: 63993-64049 [-] Ensembl |
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Seed | GAGACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAAAAUUGACAAAACAUGGCGACUGCUCUCAGGGUGGUAAUGCUGCCUACAUGGUGAGGUGACAACAUGAGACAGUGUGUCCUCCCUAAGUUUCAGAUCUAAGCCGAAUGCUGCUGAAGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UAAAAUUGACAAAACAUGGC - CU-| C U UA C A GUGAG GA CUG CU AGGG GG AUGCUG CU CAUG G CU GAC GA UCCC CC UGUGAC GA GUAC U GAAGUCGUCGUAAGCCGAAU A UUU^ A U UG A - AACAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Mgi-Mir-1994-P2_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGGUGGUAAUGCUGCCUACAUG -23
Get sequence
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Mature sequence | Mgi-Mir-1994-P2_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UGAGACAGUGUGUCCUCCCUAA -59
Get sequence
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