| MirGeneDB ID | Pve-Mir-1994-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1994 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Vernerds tusk shell (Pictodentalium vernedei) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pve-Mir-1994-P1 Pve-Mir-1994-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-1994-P2 Cte-Mir-1994 Dgr-Mir-1994 Eba-Mir-1994-P2 Efe-Mir-1994 Esc-Mir-1994-P2 Hru-Mir-1994-P2 Lan-Mir-1994-o2a Lgi-Mir-1994-P2 Llo-Mir-1994 Mgi-Mir-1994-P2 Mom-Mir-1994-P2 Npo-Mir-1994-P2 Obi-Mir-1994-P2 Ovu-Mir-1994-P2 Rph-Mir-1994-P2 War-Mir-1994-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Dentaliidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Pve_genome_chr_only) |
Pve_Chr3: 123318460-123318515 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1994-P2a) |
Mir-1994-P2b
Pve_Chr3: 123307801-123307859 [-]
Ensembl
Mir-1994-P2a Pve_Chr3: 123318460-123318515 [-] Ensembl Mir-1994-P1 Pve_Chr3: 123318788-123318848 [-] Ensembl |
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| Seed | GAGACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAUUAGCUUCAUAUUUCAGUCUAUUGUCUAAGGUAGUACAGCCUGUCUGCAUGUUCGUCUACCAUGAGACAGUGUGUCCUCCCUAAGAUUAUGUGACAUUUUCACCAGUUUCUGUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAUUAGCUUCAUAUUUCA- -| U A U U GC G UUCG GUC UAU GUCU AGG AG ACA CUGUCU CAUG \ CAG GUA UAGA UCC UC UGU GACAGA GUAC U CUGUCUUUGACCACUUUUA U^ U A C C GU - CAUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pve-Mir-1994-P2a_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGUAGUACAGCCUGUCUGCAUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Pve-Mir-1994-P2a_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- UGAGACAGUGUGUCCUCCCUAA -56
Get sequence
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