MirGeneDB ID | Isc-Mir-1993 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1993 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUUAUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Deer tick (Ixodes scapularis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | isc-mir-1993 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bpl-Mir-1993 Cbr-Mir-1993 Cel-Mir-1993 Cgi-Mir-1993 Cte-Mir-1993 Dma-Mir-1993 Dpu-Mir-1993 Efe-Mir-1993-P1 Efe-Mir-1993-P2 Esc-Mir-1993 Lan-Mir-1993 Lgi-Mir-1993 Lpo-Mir-1993-P3 Lpo-Mir-1993-P4 Lpo-Mir-1993-P5 Npo-Mir-1993 Obi-Mir-1993 Ovu-Mir-1993 Sme-Mir-1993-P6 Sme-Mir-1993-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (IscaWI) |
DS862055: 112-174 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUCCAGCUCGGCUGUCGGCGGCGCCAACCGCGUGAACACAAGCGUGAUACCGUGCUAGGCUGGACUCGGGCAUUAUGCUAGUGUUCGCGGGGCUGGUUGCGCCCGGACUCAAACAUGCGCGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UUUCCAGCUCGGCUGUC-- GC A G A A-| GUGCUAG GGCG GCCA CC CGUGAACAC AGCGUGAU CC G CCGC UGGU GG GCGCUUGUG UCGUAUUA GG C UGCGCGUACAAACUCAGGC GU C G A CG^ CUCAGGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Isc-Mir-1993_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCGUGAACACAAGCGUGAUACC -22
Get sequence
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Mature sequence | Isc-Mir-1993_3p |
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mirBase accession | MIMAT0016929 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- CAUUAUGCUAGUGUUCGCGGGG -63
Get sequence
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