MirGeneDB ID | Egr-Mir-1993 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-1993 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Hydatid worm (Echinococcus granulosus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | egr-mir-2162 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-1993 Ava-Mir-1993-P10 Ava-Mir-1993-P11 Bko-Mir-1993 Bpl-Mir-1993 Cbr-Mir-1993 Cel-Mir-1993 Csc-Mir-1993 Cte-Mir-1993 Dgr-Mir-1993 Dma-Mir-1993 Dpu-Mir-1993 Eba-Mir-1993 Efe-Mir-1993-P1 Efe-Mir-1993-P2 Esc-Mir-1993 Gsa-Mir-1993 Gsp-Mir-1993 Hru-Mir-1993 Isc-Mir-1993 Lan-Mir-1993 Lgi-Mir-1993 Llo-Mir-1993 Lpo-Mir-1993-P3 Lpo-Mir-1993-P4 Lpo-Mir-1993-P5 Mgi-Mir-1993 Mom-Mir-1993 Npo-Mir-1993 Obi-Mir-1993 Ofu-Mir-1993-P12 Ofu-Mir-1993-P13 Ovu-Mir-1993 Pau-Mir-1993 Pca-Mir-1993 Pcr-Mir-1993-P14 Pcr-Mir-1993-P15 Pdu-Mir-1993 Pve-Mir-1993-P8 Pve-Mir-1993-P9 Rph-Mir-1993 Sma-Mir-1993 Sme-Mir-1993-P6 Sme-Mir-1993-P7 Snu-Mir-1993 Tur-Mir-1993 War-Mir-1993 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000524195.1_ASM52419v1_Egranulosus) |
APAU02000040.1: 661472-661528 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUUAUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUUUUUGAAUUUUUUGAGGCUUGGAGGAUGAGUGGAUUUGUUGCAUAUUAUACAUCGUGGGGUUUGUAUUAUGCAACUUUUCACUCCUACAUCAAGUCUGAUCGCCUUUUUACGUCUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GUUUUUGAAUUUUUUGA--| AGGAU UUU UU UCGU GGCUUGG GAGUGGA GUUGCAUA AUACA G CUGAACU CUCACUU CAACGUAU UAUGU G UCUGCAUUUUUCCGCUAGU^ ACAUC UU- -- UUGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Egr-Mir-1993_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0041181 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUGGAUUUGUUGCAUAUUAUACA -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Egr-Mir-1993_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0041182 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UAUUAUGCAACUUUUCACUCC -57
Get sequence
|