| MirGeneDB ID | Rph-Mir-1993 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1993 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Japanese carpet shell (Ruditapes philippinarum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-1993 Ava-Mir-1993-P10 Ava-Mir-1993-P11 Bko-Mir-1993 Bpl-Mir-1993 Cbr-Mir-1993 Cel-Mir-1993 Csc-Mir-1993 Cte-Mir-1993 Dgr-Mir-1993 Dma-Mir-1993 Dpu-Mir-1993 Eba-Mir-1993 Efe-Mir-1993-P1 Efe-Mir-1993-P2 Egr-Mir-1993 Esc-Mir-1993 Gsa-Mir-1993 Gsp-Mir-1993 Hru-Mir-1993 Isc-Mir-1993 Lan-Mir-1993 Lgi-Mir-1993 Llo-Mir-1993 Lpo-Mir-1993-P3 Lpo-Mir-1993-P4 Lpo-Mir-1993-P5 Mgi-Mir-1993 Mom-Mir-1993 Npo-Mir-1993 Obi-Mir-1993 Ofu-Mir-1993-P12 Ofu-Mir-1993-P13 Ovu-Mir-1993 Pau-Mir-1993 Pca-Mir-1993 Pcr-Mir-1993-P14 Pcr-Mir-1993-P15 Pdu-Mir-1993 Pve-Mir-1993-P8 Pve-Mir-1993-P9 Sma-Mir-1993 Sme-Mir-1993-P6 Sme-Mir-1993-P7 Snu-Mir-1993 Tur-Mir-1993 War-Mir-1993 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Ruditapes_GCA_009026015) |
CM018535.1: 7170414-7170472 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUUAUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUUCGUCAGCUUGGAAAUCUAGCGAGAUUUCGUGAAUAAGGGCACGAUGCAGUGAAACACGUCUUGUAUUAUGCUGUUAUUCACGAAAUAUCAAAAUUAUCAACUGGAGUUAACAAGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAUUCGUCAGCUUGGAAAUCUAGC--| G G CG GUGAAA GA AUUUCGUGAAUAA GGCA AUGCA \ CU UAAAGCACUUAUU UCGU UAUGU C GGAACAAUUGAGGUCAACUAUUAAAA^ A G AU UCUGCA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Rph-Mir-1993_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGUGAAUAAGGGCACGAUGCA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Rph-Mir-1993_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAUUAUGCUGUUAUUCACGAAA -59
Get sequence
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