MirGeneDB ID | Ava-Mir-1993-P10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1993 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Bdelloid rotifer (Adineta vaga) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ava-Mir-1993-P11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-1993 Bko-Mir-1993 Bpl-Mir-1993 Cbr-Mir-1993 Cel-Mir-1993 Csc-Mir-1993 Cte-Mir-1993 Dgr-Mir-1993 Dma-Mir-1993 Dpu-Mir-1993 Eba-Mir-1993 Egr-Mir-1993 Esc-Mir-1993 Gsa-Mir-1993 Gsp-Mir-1993 Hru-Mir-1993 Isc-Mir-1993 Lan-Mir-1993 Lgi-Mir-1993 Llo-Mir-1993 Mgi-Mir-1993 Mom-Mir-1993 Npo-Mir-1993 Obi-Mir-1993 Ovu-Mir-1993 Pau-Mir-1993 Pca-Mir-1993 Pdu-Mir-1993 Rph-Mir-1993 Sma-Mir-1993 Snu-Mir-1993 Tur-Mir-1993 War-Mir-1993 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | A. vaga | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_021613535.1_ASM2161353v1_AVA) |
CP075495.1: 11585858-11585919 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CGUGAAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUUGUACACACGUAUUAGUGUAAAAUCUUGUCGUGAAGACCAGCAUGAUUCGUUAGUAUAAUCAAUUCGUAUUAUGCUGAGAUUUUACGAUAUGAAAUACACUUUUGUUGCUAUUAUUAUGUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AUUGUACACACGUAUUA---| AAA U AC- U UUAGUAU GUGUA UC UGUCGUGAAG CAGCAUGAU CG \ CACAU AG AUAGCAUUUU GUCGUAUUA GC A UGUAUUAUUAUCGUUGUUUU^ AA- U AGA U UUAACUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ava-Mir-1993-P10_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCGUGAAGACCAGCAUGAUUCG -22
Get sequence
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Co-mature sequence | Ava-Mir-1993-P10_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UAUUAUGCUGAGAUUUUACGAUA -62
Get sequence
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