| MirGeneDB ID | Lgi-Mir-1993 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1993 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUUAUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Owl limpet (Lottia gigantea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | lgi-mir-1993 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bpl-Mir-1993 Cbr-Mir-1993 Cel-Mir-1993 Cgi-Mir-1993 Cte-Mir-1993 Dma-Mir-1993 Dpu-Mir-1993 Efe-Mir-1993-P1 Efe-Mir-1993-P2 Esc-Mir-1993 Isc-Mir-1993 Lan-Mir-1993 Lpo-Mir-1993-P3 Lpo-Mir-1993-P4 Lpo-Mir-1993-P5 Npo-Mir-1993 Obi-Mir-1993 Ovu-Mir-1993 Sme-Mir-1993-P6 Sme-Mir-1993-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Lotgi1) |
LOTGIsca_1: 2120424-2120483 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUACUAUUGAAGUCAAAGUCUGAGUAUAUUUCGGGAAUAUAGGCAUAAUGCCCGUUAAUACUUGAACGUAUUAUGCUGAUAUUCACGAGAUCCGCUGGACAGAAUCAACAUUCAUUGGGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GUACUAUUGAAGUCAAA---| G AU G A CCGUUAA GUCU AGU AUUUCG GAAUAU GGCAUAAUGC U CAGG UCG UAGAGC CUUAUA UCGUAUUAUG A AGGGUUACUUACAACUAAGA^ - CC A G CAAGUUC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Lgi-Mir-1993_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGGGAAUAUAGGCAUAAUGCC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Lgi-Mir-1993_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009723 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAUUAUGCUGAUAUUCACGAGA -60
Get sequence
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