MirGeneDB ID | Pcr-Mir-1993-P15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1993 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tiger flatworm (Prostheceraeus crozieri ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pcr-Mir-1993-P14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-1993 Bko-Mir-1993 Bpl-Mir-1993 Cbr-Mir-1993 Cel-Mir-1993 Csc-Mir-1993 Cte-Mir-1993 Dgr-Mir-1993 Dma-Mir-1993 Dpu-Mir-1993 Eba-Mir-1993 Egr-Mir-1993 Esc-Mir-1993 Gsa-Mir-1993 Gsp-Mir-1993 Hru-Mir-1993 Isc-Mir-1993 Lan-Mir-1993 Lgi-Mir-1993 Llo-Mir-1993 Mgi-Mir-1993 Mom-Mir-1993 Npo-Mir-1993 Obi-Mir-1993 Ovu-Mir-1993 Pau-Mir-1993 Pca-Mir-1993 Pdu-Mir-1993 Rph-Mir-1993 Sma-Mir-1993 Snu-Mir-1993 Tur-Mir-1993 War-Mir-1993 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | P. crozeri | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_907163375.1_PROCRO_GENOME_genomic) |
CAJQUW010007880.1: 108937-109001 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUUAUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAUUGGGUGAAAGCAGCGGUUCCAUUGCGGCGUGAUUAACAGUCAUAAUUACGCAGUUACUCUAAUUGUUUUCGUAUUAUGCUAUUAUUCACGUCACAGGGAACUCUAAGCAGCUGAACAAAAGAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 CAUUGGGUGAAAGCAGC---| A C U C U U GCAGUUACUC GGUUCC UUG GGCGUGA UAA AG CAUAAU AC \ UCAAGG GAC CUGCACU AUU UC GUAUUA UG U AGAAAACAAGUCGACGAAUC^ - A U A - - CUUUUGUUAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pcr-Mir-1993-P15_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGUGAUUAACAGUCAUAAUUAC -22
Get sequence
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Mature sequence | Pcr-Mir-1993-P15_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
44- UAUUAUGCUAUUAUUCACGUC -65
Get sequence
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