| MirGeneDB ID | Ava-Mir-278 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-278 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Bdelloid rotifer (Adineta vaga) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-278 Aga-Mir-278 Agr-Mir-278 Bfl-Mir-278 Bge-Mir-278 Bla-Mir-278 Csc-Mir-278 Cte-Mir-278 Dan-Mir-278 Dgr-Mir-278 Dlo-Mir-278 Dma-Mir-278 Dme-Mir-278 Dmo-Mir-278 Dpu-Mir-278 Dsi-Mir-278 Dya-Mir-278 Eba-Mir-278 Efe-Mir-278-P1-v1 Efe-Mir-278-P2 Esc-Mir-278 Gpa-Mir-278 Gsa-Mir-278 Hme-Mir-278 Hru-Mir-278 Isc-Mir-278 Lan-Mir-278 Lgi-Mir-278 Lhy-Mir-278 Llo-Mir-278-P6 Llo-Mir-278-P7 Lpo-Mir-278-P3 Lpo-Mir-278-P4 Lpo-Mir-278-P5 Mgi-Mir-278 Mom-Mir-278 Npo-Mir-278 Obi-Mir-278 Ofu-Mir-278 Ovu-Mir-278 Pau-Mir-278 Pca-Mir-278 Pcr-Mir-278 Pdu-Mir-278 Pfl-Mir-278 Pmi-Mir-278 Pve-Mir-278 Rph-Mir-278 Sko-Mir-278 Sme-Mir-278 Snu-Mir-278 Spu-Mir-278 Tur-Mir-278 War-Mir-278 Xbo-Mir-278 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_021613535.1_ASM2161353v1_AVA) |
CP075497.1: 8438396-8438464 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-278) |
Mir-278
CP075497.1: 8438396-8438464 [-]
Ensembl
Mir-242-P9 CP075497.1: 8451995-8452069 [-] Ensembl |
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| Seed | CGGUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUGAACAUAAUGAUUUGAGGCAUCUGCUCAUGAACGACAUAUCCACACGACGAUCUUGUUAUUGAUUGAAACUGAUCGGUGGGAUAUUUCAUUCAUUAGCAAUAGAAAAUCUUCGAUAUGAACUUUACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUUGAACAUAAUGAUUUGAGGCAUC--| C C C A GA UUGUUAUU UGCU AUGAA GA AUAUCC CAC CGAUC G ACGA UACUU CU UAUAGG GUG GCUAG A CAUUUCAAGUAUAGCUUCUAAAAGAUA^ U A U - -- UCAAAGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ava-Mir-278_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUGAACGACAUAUCCACACGACGAUC -26
Get sequence
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| Mature sequence | Ava-Mir-278_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
46- UCGGUGGGAUAUUUCAUUCAUUA -69
Get sequence
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