| MirGeneDB ID | Bfl-Mir-278 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-278 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CGGUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | bfl-mir-278 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-278 Bge-Mir-278 Bla-Mir-278 Cgi-Mir-278 Csc-Mir-278 Cte-Mir-278 Dan-Mir-278 Dma-Mir-278 Dme-Mir-278 Dmo-Mir-278 Dpu-Mir-278 Dsi-Mir-278 Dya-Mir-278 Efe-Mir-278-P1-v1 Efe-Mir-278-P1-v2 Efe-Mir-278-P2 Esc-Mir-278 Hme-Mir-278 Isc-Mir-278 Lan-Mir-278 Lgi-Mir-278 Lpo-Mir-278-P3 Lpo-Mir-278-P4 Lpo-Mir-278-P5 Npo-Mir-278 Obi-Mir-278 Ovu-Mir-278 Pfl-Mir-278 Pmi-Mir-278 Sko-Mir-278 Sme-Mir-278 Spu-Mir-278 Xbo-Mir-278 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049979.1: 19830629-19830690 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCCUGCGGCCGUACAACGCCACUCCCCCGCCCGGACGAGAACCCUUCGCCAGUCGUCGGGCUUUAGCAGAUCGGUGGGGUUUUCGUUCGAGUGGGGGAGACGGCAAAUGCUACUAUACAUGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCCUGCGGCCGUACAAC- A-| C UU A GUCGGG GCC CUCCCCCGC CGGACGAGAACCC CGCC GUC C CGG GAGGGGGUG GCUUGCUUUUGGG GUGG UAG U CGUACAUAUCAUCGUAAA CA^ A -- C ACGAUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bfl-Mir-278_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCGGACGAGAACCCUUCGCCAGUC -24
Get sequence
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| Mature sequence | Bfl-Mir-278_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0010135 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UCGGUGGGGUUUUCGUUCGAGU -62
Get sequence
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