MirGeneDB ID | Esc-Mir-278 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-278 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CGGUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Hawaiian bobtail squid (Euprymna scolopes) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-278 Bfl-Mir-278 Bge-Mir-278 Bla-Mir-278 Cgi-Mir-278 Csc-Mir-278 Cte-Mir-278 Dan-Mir-278 Dma-Mir-278 Dme-Mir-278 Dmo-Mir-278 Dpu-Mir-278 Dsi-Mir-278 Dya-Mir-278 Efe-Mir-278-P1-v1 Efe-Mir-278-P1-v2 Efe-Mir-278-P2 Hme-Mir-278 Isc-Mir-278 Lan-Mir-278 Lgi-Mir-278 Lpo-Mir-278-P3 Lpo-Mir-278-P4 Lpo-Mir-278-P5 Npo-Mir-278 Obi-Mir-278 Ovu-Mir-278 Pfl-Mir-278 Pmi-Mir-278 Sko-Mir-278 Sme-Mir-278 Spu-Mir-278 Xbo-Mir-278 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_004765925.1_miRNA_LOCI) |
Esc-Mir-278_pre_SRIE01056510.1:3419959-3420099: 41-101 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCAUUUCACCCAUAUUUCCGUUCGUUGUUACCGAGGGAAAGGCUCGUCAUGAUCUUGUCAAACUGAUGAUCGGUGGGACUUUCGUUCGUUAAUGGCGAAUGGACAUGCAGCAAACGAAACUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UCAUUUCACCCAUAUUU--| UG C G G GU AU UUGUCA CCGUUCGU UUA CGAG GAAAG CUC C GAUC \ GGUAAGCG AAU GCUU CUUUC GGG G CUAG A UCAAAGCAAACGACGUACA^ GU U G A UG -- UAGUCA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Esc-Mir-278_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCGAGGGAAAGGCUCGUCAUGAUC -24
Get sequence
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Mature sequence | Esc-Mir-278_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UCGGUGGGACUUUCGUUCGUUA -61
Get sequence
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