| MirGeneDB ID | Dma-Mir-278 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-278 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Large common water flea (Daphnia magna) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-278 Aga-Mir-278 Agr-Mir-278 Ava-Mir-278 Bfl-Mir-278 Bge-Mir-278 Bla-Mir-278 Csc-Mir-278 Cte-Mir-278 Dan-Mir-278 Dgr-Mir-278 Dlo-Mir-278 Dme-Mir-278 Dmo-Mir-278 Dpu-Mir-278 Dsi-Mir-278 Dya-Mir-278 Eba-Mir-278 Efe-Mir-278-P1-v1 Efe-Mir-278-P2 Esc-Mir-278 Gpa-Mir-278 Gsa-Mir-278 Hme-Mir-278 Hru-Mir-278 Isc-Mir-278 Lan-Mir-278 Lgi-Mir-278 Lhy-Mir-278 Llo-Mir-278-P6 Llo-Mir-278-P7 Lpo-Mir-278-P3 Lpo-Mir-278-P4 Lpo-Mir-278-P5 Mgi-Mir-278 Mom-Mir-278 Npo-Mir-278 Obi-Mir-278 Ofu-Mir-278 Ovu-Mir-278 Pau-Mir-278 Pca-Mir-278 Pcr-Mir-278 Pdu-Mir-278 Pfl-Mir-278 Pmi-Mir-278 Pve-Mir-278 Rph-Mir-278 Sko-Mir-278 Sme-Mir-278 Snu-Mir-278 Spu-Mir-278 Tur-Mir-278 War-Mir-278 Xbo-Mir-278 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DMA_ASM399081) |
NC_046181.1: 8681550-8681703 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CGGUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCGUCCAGUACUUUUAAAGUGUGGUCACCUCCGGACAAGAGUCUUUCACCGGCCGUGCCCAUUUUCGAACGAUUUUCCAGUUUCUCGGCGGCGGAGGAUCUUACUUCUUUUUUUUUAUUGAGAUUCCGUUUUCGAGAGACGGGAAUGUCUAAACAAAACAGGUCGGUGGGACUUUCGUCCGUGUGUGAUGCACUUGACAACACGAUGGCGCCAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 GCGUCCAGUACUUUUAA---| G CUC A UU GUGCCCAUUUUCGAACGAUUUUCCAGUUUCUCGGCGGCGGAGGAUCUUACUU AGUGUG UCAC CGGAC AGAGUCU CACCGGCC C UCACGU AGUG GCCUG UUUCAGG GUGGCUGG U AACCGCGGUAGCACAACAGU^ - UGU C -- ACAAAACAAAUCUGUAAGGGCAGAGAGCUUUUGCCUUAGAGUUAUUUUUUUU 210 200 190 180 170 160 150 140 130 120 110 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dma-Mir-278_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCGGACAAGAGUCUUUCACCGGCC -24
Get sequence
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| Mature sequence | Dma-Mir-278_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
132- UCGGUGGGACUUUCGUCCGUGU -154
Get sequence
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