| MirGeneDB ID | Efe-Mir-278-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-278 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Common brandling worm (Eisenia fetida) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Efe-Mir-278-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-278 Aga-Mir-278 Agr-Mir-278 Ava-Mir-278 Bfl-Mir-278 Bge-Mir-278 Bla-Mir-278 Csc-Mir-278 Cte-Mir-278 Dan-Mir-278 Dgr-Mir-278 Dlo-Mir-278 Dma-Mir-278 Dme-Mir-278 Dmo-Mir-278 Dpu-Mir-278 Dsi-Mir-278 Dya-Mir-278 Eba-Mir-278 Esc-Mir-278 Gpa-Mir-278 Gsa-Mir-278 Hme-Mir-278 Hru-Mir-278 Isc-Mir-278 Lan-Mir-278 Lgi-Mir-278 Lhy-Mir-278 Mgi-Mir-278 Mom-Mir-278 Npo-Mir-278 Obi-Mir-278 Ofu-Mir-278 Ovu-Mir-278 Pau-Mir-278 Pca-Mir-278 Pcr-Mir-278 Pdu-Mir-278 Pfl-Mir-278 Pmi-Mir-278 Pve-Mir-278 Rph-Mir-278 Sko-Mir-278 Sme-Mir-278 Snu-Mir-278 Spu-Mir-278 Tur-Mir-278 War-Mir-278 Xbo-Mir-278 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | E. fetida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Efe_combined) |
Efet.01.1652561: 479-543 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-278-P1-v1) |
Mir-278-P1-v1
Efet.01.1652561: 479-543 [+]
Mir-278-P1-v2 Efet.01.1652561: 479-543 [+] |
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| Variant | Efe-Mir-278-P1-v1 |
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| Seed | CGGUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AACGGGCAACGGUUUCUAAUUCUCGCCCUCACGGACGAAAGCCUCAGUUAGAUCUCUGGAGAGCUGUCUCAGAUCGGUGGGACUUUCGUUCGUCUGGGAGAGAAGGUUCGAACUUCAGACUUACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AACGGGCAACGGUUUCUAA--| G UC C GUUA UCUGGAGA UUCUC CCC ACGGACGAAAG CUCA GAUC \ AAGAG GGG UGCUUGCUUUC GGGU CUAG G CCAUUCAGACUUCAAGCUUGG^ A UC A GG-- ACUCUGUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Efe-Mir-278-P1-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACGGACGAAAGCCUCAGUUAGAUC -24
Get sequence
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| Mature sequence | Efe-Mir-278-P1-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- UCGGUGGGACUUUCGUUCGUCU -65
Get sequence
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| Variant | Efe-Mir-278-P1-v2 |
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| Seed | UCGGUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AACGGGCAACGGUUUCUAAUUCUCGCCCUCACGGACGAAAGCCUCAGUUAGAUCUCUGGAGAGCUGUCUCAGAUCGGUGGGACUUUCGUUCGUCUGGGAGAGAAGGUUCGAACUUCAGACUUACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AACGGGCAACGGUUUCUAA--| G UC C GUUA CUGGAGA UUCUC CCC ACGGACGAAAG CUCA GAUCU \ AAGAG GGG UGCUUGCUUUC GGGU CUAGA G CCAUUCAGACUUCAAGCUUGG^ A UC A GG-- CUCUGUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Efe-Mir-278-P1-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACGGACGAAAGCCUCAGUUAGAUCU -25
Get sequence
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| Mature sequence | Efe-Mir-278-P1-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- AUCGGUGGGACUUUCGUUCGUCU -65
Get sequence
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