| MirGeneDB ID | Lpo-Mir-278-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-278 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CGGUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Atlantic horseshoe crab (Limulus polyphemus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Lpo-Mir-278-P3 Lpo-Mir-278-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-278 Bfl-Mir-278 Bge-Mir-278 Bla-Mir-278 Cgi-Mir-278 Csc-Mir-278 Cte-Mir-278 Dan-Mir-278 Dma-Mir-278 Dme-Mir-278 Dmo-Mir-278 Dpu-Mir-278 Dsi-Mir-278 Dya-Mir-278 Esc-Mir-278 Hme-Mir-278 Isc-Mir-278 Lan-Mir-278 Lgi-Mir-278 Npo-Mir-278 Obi-Mir-278 Ovu-Mir-278 Pfl-Mir-278 Pmi-Mir-278 Sko-Mir-278 Sme-Mir-278 Spu-Mir-278 Xbo-Mir-278 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | L. polyphemus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000517525.1_Limulus_polyphemus-2.1.2_genomic) |
NW_013666843.1: 66142-66202 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUACUGGCUAGUGGAACGAGAGGUGUUGCAACGGACGAAAGGGUCAUCUUGACCAGGUAUAAAGUAUGGCCGGUGGGACUUUCGUUCGUCUGUAUCUCUUCUGAUAACUACUCCGACAAAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AUACUGGCUAGUGGAACG- UGU -| GG UUGACCAGGUA AGAGG UGCA ACGGACGAAAG UCAUC \ UCUUC AUGU UGCUUGCUUUC GGUGG U AAAACAGCCUCAUCAAUAG UCU C^ AG CCGGUAUGAAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Lpo-Mir-278-P5_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACGGACGAAAGGGUCAUCUUGAC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Lpo-Mir-278-P5_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CCGGUGGGACUUUCGUUCGUCU -61
Get sequence
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