| MirGeneDB ID | Aca-Mir-10-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aca-mir-10c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Aca-Mir-10-P1b-v1 Aca-Mir-10-P1c-v1 Aca-Mir-10-P1d-v1 Aca-Mir-10-P2b Aca-Mir-10-P2c Aca-Mir-10-P2d Aca-Mir-10-P3b Aca-Mir-10-P3c Aca-Mir-10-P3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-10-P1-v1 Adi-Mir-10 Aga-Mir-10-P1-v1 Agr-Mir-10-P1 Ami-Mir-10-P1d-v1 Asp-Mir-10 Asu-Mir-10-P1 Bfl-Mir-10-P1-v1 Bge-Mir-10-P1-v1 Bla-Mir-10-P1-v1 Cbr-Mir-10-P1 Cel-Mir-10-P1 Cli-Mir-10-P1d-v1 Cmi-Mir-10-P1d-v1 Cpi-Mir-10-P1d-v1 Cte-Mir-10-P1 Dan-Mir-10-P1 Dgr-Mir-10-P1 Dlo-Mir-10-P1-v1 Dma-Mir-10-P1-v1 Dme-Mir-10-P1 Dmo-Mir-10-P1 Dpu-Mir-10-P1-v1 Dre-Mir-10-P1d1-v1 Dsi-Mir-10-P1 Dya-Mir-10-P1 Eba-Mir-10-P1 Efe-Mir-10-P1 Egr-Mir-10-P1 Gga-Mir-10-P1d-v1 Gja-Mir-10-P1d-v1 Gmo-Mir-10-P1d1-v1 Gpa-Mir-10-P1 Gsp-Mir-10-P1 Hme-Mir-10-P1-v1 Hru-Mir-10-P1 Isc-Mir-10-P1-v1 Lch-Mir-10-P1d Lgi-Mir-10-P1 Lhy-Mir-10-P1 Llo-Mir-10-P1 Loc-Mir-10-P1d-v1 Mal-Mir-10-P1d1-v1 Mgi-Mir-10-P1 Mom-Mir-10-P1 Mun-Mir-10-P1d-v1 Npo-Mir-10-P1 Nve-Mir-10 Ofu-Mir-10-P1 Pau-Mir-10-P1 Pbv-Mir-10-P1d-v1 Pca-Mir-10-P1 Pdu-Mir-10-P1 Pfl-Mir-10-P1 Pmi-Mir-10-P1 Pve-Mir-10-P1 Rph-Mir-10-P1 Sko-Mir-10-P1 Sma-Mir-10-P1 Snu-Mir-10-P1 Spu-Mir-10-P1 Tca-Mir-10-P1-v1 Tni-Mir-10-P1d1-v1 War-Mir-10-P1 Xbo-Mir-10-P1 Xla-Mir-10-P1d3-v1 Xla-Mir-10-P1d4-v1 Xtr-Mir-10-P1d-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (anoCar2) |
2: 71991632-71991689 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-10-P1d-v2) |
Mir-10-P1d-v1
2: 71991631-71991690 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-10-P1d-v2 2: 71991632-71991689 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Aca-Mir-10-P1d-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CCCUGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACAGCCCAAAUUCUCCAGUCGUUUAUAUGUACCCUGUAGAAUCGAAUUUGUGUGAGCACCUCAAUCACAAAUUCGUCUCUAGGGGAGUAUAUGGACGAUGCAGAGCUUUGUUAAAGGUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 ACAGCCCAAAUUCUCCA--| UA G AU UGAGCA GUCGUUUAUAUG CCCU UAGA CGAAUUUGUG \ UAGCAGGUAUAU GGGG AUCU GCUUAAACAC C UGGAAAUUGUUUCGAGACG^ GA - CU UAACUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Aca-Mir-10-P1d-v2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0021721 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCCUGUAGAAUCGAAUUUGUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Aca-Mir-10-P1d-v2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0021722 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- ACAAAUUCGUCUCUAGGGGAGU -58
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Aca-Mir-10-P1d-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACCCUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GACAGCCCAAAUUCUCCAGUCGUUUAUAUGUACCCUGUAGAAUCGAAUUUGUGUGAGCACCUCAAUCACAAAUUCGUCUCUAGGGGAGUAUAUGGACGAUGCAGAGCUUUGUUAAAGGUUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GACAGCCCAAAUUCUCCA--| UA G AU GUGAGCA GUCGUUUAUAUG CCCU UAGA CGAAUUUGU \ UAGCAGGUAUAU GGGG AUCU GCUUAAACA C UUGGAAAUUGUUUCGAGACG^ GA - CU CUAACUC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Aca-Mir-10-P1d-v1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0021721 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACCCUGUAGAAUCGAAUUUGU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Aca-Mir-10-P1d-v1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0021722 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAAAUUCGUCUCUAGGGGAGUA -60
Get sequence
|
