MirGeneDB ID | Tni-Mir-219-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-219 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAUUGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tni-Mir-219-P2a Tni-Mir-219-P2b Tni-Mir-219-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-219 Aca-Mir-219-P3 Ami-Mir-219-P3 Bfl-Mir-219 Bge-Mir-219 Bla-Mir-219 Bta-Mir-219-P3 Cfa-Mir-219-P3 Cgi-Mir-219 Cin-Mir-219 Cmi-Mir-219-P3 Cpi-Mir-219-P3 Cpo-Mir-219-P3 Csc-Mir-219 Cte-Mir-219 Dan-Mir-219 Dma-Mir-219 Dme-Mir-219 Dmo-Mir-219 Dno-Mir-219-P3 Dpu-Mir-219 Dsi-Mir-219 Dya-Mir-219 Esc-Mir-219 Ete-Mir-219-P3 Gja-Mir-219-P3 Gmo-Mir-219-P3b Hsa-Mir-219-P3 Isc-Mir-219 Lan-Mir-219 Lch-Mir-219-P3 Mal-Mir-219-P3b Mdo-Mir-219-P3 Mml-Mir-219-P3 Mmu-Mir-219-P3 Mmu-Mir-219-P3-as Mun-Mir-219-P3-v1 Mun-Mir-219-P3-v2 Obi-Mir-219 Ocu-Mir-219-P3 Ovu-Mir-219 Pbv-Mir-219-P3 Pfl-Mir-219 Pmi-Mir-219 Rno-Mir-219-P3 Sha-Mir-219-P3 Sko-Mir-219 Spt-Mir-219-P3 Spu-Mir-219 Sto-Mir-219-P3-v1 Sto-Mir-219-P3-v2 Tca-Mir-219 Xbo-Mir-219 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
8: 6475886-6475950 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCGUUCCAGGUUUGACAGGAUGUCUGGUGUUGAUUGUCCAAACGCAAUUCUUGUGUGAUUUCUCCAUAUUCAGGAGUUGUGGAUGGACAUCAUGCCCCCGACUCUUAUUGACUUCCCCUUGCUGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CCGUUCCAGGUUUGACA---| U U U - U AA UGUGAUUU GGA GUC GG GU UGAU GUCCA CGCAAUUCUUG \ UCU CAG CC CG ACUA CAGGU GUGUUGAGGAC C AGUCGUUCCCCUUCAGUUAU^ - C C U - AG UUAUACCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Tni-Mir-219-P3b_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAUUGUCCAAACGCAAUUCUUG -23
Get sequence
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Star sequence | Tni-Mir-219-P3b_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- GGAGUUGUGGAUGGACAUCAUGC -65
Get sequence
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