MirGeneDB ID | Tni-Mir-103-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-103 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tni-Mir-103-P1a Tni-Mir-103-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-103-P2 Ami-Mir-103-P2 Bta-Mir-103-P2 Cfa-Mir-103-P2 Cja-Mir-103-P2 Cli-Mir-103-P2 Cmi-Mir-103-P2 Cpi-Mir-103-P2 Cpo-Mir-103-P2 Dno-Mir-103-P2 Dre-Mir-103-P2a Eca-Mir-103-P2 Ete-Mir-103-P2 Gga-Mir-103-P2 Gja-Mir-103-P2 Gmo-Mir-103-P2a Hmi-Mir-103 Hsa-Mir-103-P2 Laf-Mir-103-P2 Lch-Mir-103-P2 Loc-Mir-103-P2 Mal-Mir-103-P2a Mdo-Mir-103-P2 Mml-Mir-103-P2 Mmr-Mir-103-P2 Mmu-Mir-103-P2 Mun-Mir-103-P2 Neu-Mir-103-P2 Oan-Mir-103-P2 Ocu-Mir-103-P2 Pab-Mir-103-P2 Pbv-Mir-103-P2 Pfl-Mir-103 Pma-Mir-103-o2 Pmi-Mir-103 Rno-Mir-103-P2 Sha-Mir-103-P2 Sko-Mir-103 Spt-Mir-103-P2 Spu-Mir-103 Sro-Mir-103 Sto-Mir-103-P2 Tgu-Mir-103-P2 Xbo-Mir-103 Xtr-Mir-103-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
10: 12326434-12326493 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCAGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCUUGCAGGGCUGUUGCCUCCCUGCUCUCAGCCUCUUUACGGUGCUGCCUUGUGGCAUCUUGAUCAAGCAGCAUUGUACAGGGCUAUGAAGGCGUGGAGGACAUGCACAGUCUCGUCCAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCCUUGCAGGGCUGUUG-- C UC --| U U C UGGCA CCUCC UGC UC AGCC CU UACGGUGCUGC UUG U GGAGG GCG AG UCGG GA AUGUUACGACG AAC C ACCUGCUCUGACACGUACA U GA UA^ - C - UAGUU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Tni-Mir-103-P2a_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGCCUCUUUACGGUGCUGCCUUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Tni-Mir-103-P2a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUGA -60
Get sequence
|