MirGeneDB ID | Tni-Mir-103-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-103 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tni-mir-107 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tni-Mir-103-P2a Tni-Mir-103-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-103-P1 Ami-Mir-103-P1 Bta-Mir-103-P1 Cfa-Mir-103-P1 Cja-Mir-103-P1 Cli-Mir-103-P1 Cmi-Mir-103-P1 Cpi-Mir-103-P1 Cpo-Mir-103-P1 Dno-Mir-103-P1 Dre-Mir-103-P1a Eca-Mir-103-P1 Ete-Mir-103-P1 Gga-Mir-103-P1 Gja-Mir-103-P1 Hmi-Mir-103 Hsa-Mir-103-P1 Laf-Mir-103-P1 Lch-Mir-103-P1 Loc-Mir-103-P1 Mal-Mir-103-P1a Mdo-Mir-103-P1 Mml-Mir-103-P1 Mmr-Mir-103-P1 Mmu-Mir-103-P1 Mun-Mir-103-P1 Oan-Mir-103-P1 Ocu-Mir-103-P1 Pab-Mir-103-P1 Pbv-Mir-103-P1 Pfl-Mir-103 Pma-Mir-103-o1 Pmi-Mir-103 Rno-Mir-103-P1 Sha-Mir-103-P1 Sko-Mir-103 Spt-Mir-103-P1 Spu-Mir-103 Sro-Mir-103 Sto-Mir-103-P1 Tgu-Mir-103-P1 Xbo-Mir-103 Xtr-Mir-103-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
17: 10614424-10614483 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCAGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUUGAGUUGCCUGUUUUCUGUCUGCUGUGAGCUUCUUUACAGUGUUGCCUUGUGGCAUGGCGAUCAAGCAGCAUUGUACAGGGCUAUCACCGCACACAGAGCUGCACCUUACACACGCGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCUUGAGUUGCCUGUUU-- C U --| U U C UGGCA UCUGU UGC GUGA GCU CU UACAGUGUUGC UUG U AGACA ACG CACU CGG GA AUGUUACGACG AAC G GCGCACACAUUCCACGUCG C C AU^ - C - UAGCG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Tni-Mir-103-P1a_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGCUUCUUUACAGUGUUGCCUUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Tni-Mir-103-P1a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0003044 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUCA -60
Get sequence
|