MirGeneDB ID | Cli-Mir-103-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-103 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cli-mir-107 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cli-Mir-103-P2 Cli-Mir-103-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-103-P1 Ami-Mir-103-P1 Bta-Mir-103-P1 Cfa-Mir-103-P1 Cja-Mir-103-P1 Cmi-Mir-103-P1 Cpi-Mir-103-P1 Cpo-Mir-103-P1 Dno-Mir-103-P1 Dre-Mir-103-P1a Dre-Mir-103-P1b Eca-Mir-103-P1 Ete-Mir-103-P1 Gga-Mir-103-P1 Gja-Mir-103-P1 Hmi-Mir-103 Hsa-Mir-103-P1 Laf-Mir-103-P1 Lch-Mir-103-P1 Loc-Mir-103-P1 Mal-Mir-103-P1a Mdo-Mir-103-P1 Mml-Mir-103-P1 Mmr-Mir-103-P1 Mmu-Mir-103-P1 Mun-Mir-103-P1 Oan-Mir-103-P1 Ocu-Mir-103-P1 Pab-Mir-103-P1 Pbv-Mir-103-P1 Pfl-Mir-103 Pma-Mir-103-o1 Pmi-Mir-103 Rno-Mir-103-P1 Sha-Mir-103-P1 Sko-Mir-103 Spt-Mir-103-P1 Spu-Mir-103 Sro-Mir-103 Sto-Mir-103-P1 Tgu-Mir-103-P1 Tni-Mir-103-P1a Xbo-Mir-103 Xla-Mir-103-P1c Xla-Mir-103-P1d Xtr-Mir-103-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (colLiv2) |
scaffold112: 365368-365427 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCAGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAUUCUCUUUCAGUGUUCUCUUUGCUUUCAGCUUCUUUACAGUGUUGCCUUGUGGCAUGGAGUUCAAGCAGCAUUGUACAGGGCUAUCAAAGCAUGGAGAGUGGCAGCAGGGAACCGCAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CAAUUCUCUUUCAGUGU-- U C--| U U C UGGCA UCUCU UGCUUU AGCU CU UACAGUGUUGC UUG U AGAGG ACGAAA UCGG GA AUGUUACGACG AAC G ACGCCAAGGGACGACGGUG U CUA^ - C - UUGAG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cli-Mir-103-P1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0038489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGCUUCUUUACAGUGUUGCCUUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cli-Mir-103-P1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0038490 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUCA -60
Get sequence
|