| MirGeneDB ID | Xla-Mir-103-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-103 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-103-P1d Xla-Mir-103-P2c Xla-Mir-103-P2d Xla-Mir-103-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-103-P1 Ami-Mir-103-P1 Bta-Mir-103-P1 Cfa-Mir-103-P1 Cja-Mir-103-P1 Cli-Mir-103-P1 Cmi-Mir-103-P1 Cpi-Mir-103-P1 Cpo-Mir-103-P1 Dno-Mir-103-P1 Eca-Mir-103-P1 Ete-Mir-103-P1 Gga-Mir-103-P1 Gja-Mir-103-P1 Hmi-Mir-103 Hsa-Mir-103-P1 Laf-Mir-103-P1 Lch-Mir-103-P1 Loc-Mir-103-P1 Mdo-Mir-103-P1 Mml-Mir-103-P1 Mmr-Mir-103-P1 Mmu-Mir-103-P1 Mun-Mir-103-P1 Oan-Mir-103-P1 Ocu-Mir-103-P1 Pab-Mir-103-P1 Pbv-Mir-103-P1 Pfl-Mir-103 Pma-Mir-103-o1 Pmi-Mir-103 Rno-Mir-103-P1 Sha-Mir-103-P1 Sko-Mir-103 Spt-Mir-103-P1 Spu-Mir-103 Sro-Mir-103 Sto-Mir-103-P1 Tgu-Mir-103-P1 Xbo-Mir-103 Xtr-Mir-103-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030736.1: 31181719-31181778 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GCAGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUCCAUUUGAGAUGUAUUCGUUUUGCUUUCAGCUUCUUUACAGUGUUGCCUUGUGGCAUGGAGUUCAAGCAGCAUUGUACAGGGCUAUCAAAGCAUUAAGAACUGCUACAGGAUCCACUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUCCAUUUGAGAUGUAU-- GUUU C--| U U C UGGCA UC UGCUUU AGCU CU UACAGUGUUGC UUG U AG ACGAAA UCGG GA AUGUUACGACG AAC G GUCACCUAGGACAUCGUCA AAUU CUA^ - C - UUGAG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xla-Mir-103-P1c_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCUUCUUUACAGUGUUGCCUUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Xla-Mir-103-P1c_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUCA -60
Get sequence
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