MirGeneDB ID | Pbv-Mir-103-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-103 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Burmese python (Python bivittatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pbv-mir-107 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pbv-Mir-103-P2 Pbv-Mir-103-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-103-P1 Ami-Mir-103-P1 Bta-Mir-103-P1 Cfa-Mir-103-P1 Cja-Mir-103-P1 Cli-Mir-103-P1 Cmi-Mir-103-P1 Cpi-Mir-103-P1 Cpo-Mir-103-P1 Dno-Mir-103-P1 Dre-Mir-103-P1a Dre-Mir-103-P1b Eca-Mir-103-P1 Ete-Mir-103-P1 Gga-Mir-103-P1 Gja-Mir-103-P1 Hmi-Mir-103 Hsa-Mir-103-P1 Laf-Mir-103-P1 Lch-Mir-103-P1 Loc-Mir-103-P1 Mal-Mir-103-P1a Mdo-Mir-103-P1 Mml-Mir-103-P1 Mmr-Mir-103-P1 Mmu-Mir-103-P1 Mun-Mir-103-P1 Oan-Mir-103-P1 Ocu-Mir-103-P1 Pab-Mir-103-P1 Pfl-Mir-103 Pma-Mir-103-o1 Pmi-Mir-103 Rno-Mir-103-P1 Sha-Mir-103-P1 Sko-Mir-103 Spt-Mir-103-P1 Spu-Mir-103 Sro-Mir-103 Sto-Mir-103-P1 Tgu-Mir-103-P1 Tni-Mir-103-P1a Xbo-Mir-103 Xla-Mir-103-P1c Xla-Mir-103-P1d Xtr-Mir-103-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000186305.2_Python_molurus_bivittatus) |
KE955805.1: 52260-52318 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCAGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAAGUGGUCCUGAUCUUCCUCUUUGCUUUCAGCUUCUUUACAGUGUUGCCUUGUGGCAUGGAGUUCAAGCAGCAUUGUACAGGGCUAUCAAAGCAUAGAGAGUUAACUGCAGUAAGCAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UAAGUGGUCCUGAUCUUC- U C--| U U C UGGCA CUCU UGCUUU AGCU CU UACAGUGUUGC UUG U GAGA ACGAAA UCGG GA AUGUUACGACG AAC G AACGAAUGACGUCAAUUGA U CUA^ - C - UUGAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Pbv-Mir-103-P1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0038907 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGCUUCUUUACAGUGUUGCCUUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Pbv-Mir-103-P1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0038908 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUC -59
Get sequence
|