MirGeneDB ID | Xla-Mir-103-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-103 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | xla-mir-103a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xla-Mir-103-P1c Xla-Mir-103-P1d Xla-Mir-103-P2c Xla-Mir-103-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-103-P4 Ami-Mir-103-P4 Bta-Mir-103-P4 Cfa-Mir-103-P4 Cja-Mir-103-P4 Cli-Mir-103-P4 Cmi-Mir-103-P4 Cpi-Mir-103-P4 Cpo-Mir-103-P4 Dno-Mir-103-P4 Eca-Mir-103-P4 Ete-Mir-103-P4 Gga-Mir-103-P4 Gja-Mir-103-P4 Hmi-Mir-103 Hsa-Mir-103-P4 Laf-Mir-103-P4 Lch-Mir-103-P4 Loc-Mir-103-P4 Mdo-Mir-103-P4 Mml-Mir-103-P4 Mmr-Mir-103-P4 Mmu-Mir-103-P4 Mun-Mir-103-P4 Neu-Mir-103-P4 Oan-Mir-103-P4 Ocu-Mir-103-P4 Pab-Mir-103-P4 Pbv-Mir-103-P4 Pfl-Mir-103 Pmi-Mir-103 Rno-Mir-103-P4 Sha-Mir-103-P4 Sko-Mir-103 Spt-Mir-103-P4 Spu-Mir-103 Sro-Mir-103 Sto-Mir-103-P4 Tgu-Mir-103-P4 Xbo-Mir-103 Xtr-Mir-103-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030729.1: 111898598-111898657 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCAGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGAAGUGCAUGAAUAUUCUCAUUUCGUUCGGCUUCUUUACAGUGCUGCCUUGUUGCAUAUGGAUCAAGCAGCAUUGUACAGGGCUAUGAAGGAUCUGAGGAAAAACAUCACCUGAAGAGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AAGAAGUGCAUGAAUAU-- UU G --| U U C UUGCA UCUCA UC UUC GGCU CU UACAGUGCUGC UUG U GGAGU AG AAG UCGG GA AUGUUACGACG AAC A GAGAAGUCCACUACAAAAA CU G UA^ - C - UAGGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Xla-Mir-103-P4_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0046414 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGCUUCUUUACAGUGCUGCCUUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Xla-Mir-103-P4_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0046415 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUGA -60
Get sequence
|