MirGeneDB ID | Ocu-Mir-103-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-103 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ocu-mir-103a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ocu-Mir-103-P1 Ocu-Mir-103-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-103-P4 Ami-Mir-103-P4 Bta-Mir-103-P4 Cfa-Mir-103-P4 Cja-Mir-103-P4 Cli-Mir-103-P4 Cmi-Mir-103-P4 Cpi-Mir-103-P4 Cpo-Mir-103-P4 Dno-Mir-103-P4 Eca-Mir-103-P4 Ete-Mir-103-P4 Gga-Mir-103-P4 Gja-Mir-103-P4 Hmi-Mir-103 Hsa-Mir-103-P4 Laf-Mir-103-P4 Lch-Mir-103-P4 Loc-Mir-103-P4 Mdo-Mir-103-P4 Mml-Mir-103-P4 Mmr-Mir-103-P4 Mmu-Mir-103-P4 Mun-Mir-103-P4 Neu-Mir-103-P4 Oan-Mir-103-P4 Pab-Mir-103-P4 Pbv-Mir-103-P4 Pfl-Mir-103 Pmi-Mir-103 Rno-Mir-103-P4 Sha-Mir-103-P4 Sko-Mir-103 Spt-Mir-103-P4 Spu-Mir-103 Sro-Mir-103 Sto-Mir-103-P4 Tgu-Mir-103-P4 Xbo-Mir-103 Xla-Mir-103-P4 Xtr-Mir-103-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (oryCun2_add) |
chr3: 49920405-49920464 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCAGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAAAUCCUUAGAAGUUUCUUACUGCCCUCGGCUUCUUUACAGUGCUGCCUUGUUGCAUAUGGAUCAAGCAGCAUUGUACAGGGCUAUGAAGGCAUUGAGACUCGCUCUUCACAUGAUACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CAAAAUCCUUAGAAGUU-- C C --| U U C UUGCA UCUUA UGCC UC GGCU CU UACAGUGCUGC UUG U AGAGU ACGG AG UCGG GA AUGUUACGACG AAC A CAUAGUACACUUCUCGCUC U A UA^ - C - UAGGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Ocu-Mir-103-P4_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0048189 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGCUUCUUUACAGUGCUGCCUUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Ocu-Mir-103-P4_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0048190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUGA -60
Get sequence
|