MirGeneDB ID | Aca-Mir-103-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-103 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aca-mir-103 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aca-Mir-103-P1 Aca-Mir-103-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-103-P4 Bta-Mir-103-P4 Cfa-Mir-103-P4 Cja-Mir-103-P4 Cli-Mir-103-P4 Cmi-Mir-103-P4 Cpi-Mir-103-P4 Cpo-Mir-103-P4 Dno-Mir-103-P4 Eca-Mir-103-P4 Ete-Mir-103-P4 Gga-Mir-103-P4 Gja-Mir-103-P4 Hmi-Mir-103 Hsa-Mir-103-P4 Laf-Mir-103-P4 Lch-Mir-103-P4 Loc-Mir-103-P4 Mdo-Mir-103-P4 Mml-Mir-103-P4 Mmr-Mir-103-P4 Mmu-Mir-103-P4 Mun-Mir-103-P4 Neu-Mir-103-P4 Oan-Mir-103-P4 Ocu-Mir-103-P4 Pab-Mir-103-P4 Pbv-Mir-103-P4 Pfl-Mir-103 Pmi-Mir-103 Rno-Mir-103-P4 Sha-Mir-103-P4 Sko-Mir-103 Spt-Mir-103-P4 Spu-Mir-103 Sro-Mir-103 Sto-Mir-103-P4 Tgu-Mir-103-P4 Xbo-Mir-103 Xla-Mir-103-P4 Xtr-Mir-103-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (anoCar2) |
2: 189292162-189292221 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCAGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UACUCUUCUGGAAUAUUUCUCGCUGCCUUCAGCUUCUUUACAGUGCUGCCUUGUUGCUUAUGGAUCAAGCAGCAUUGUACAGGGCUAUGAAGGCAUUGAGUACUGCUUCAUUGUAAGUAGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UACUCUUCUGGAAUAUUU-- C --| U U C UUGCU CUCG UGCCUUC AGCU CU UACAGUGCUGC UUG U GAGU ACGGAAG UCGG GA AUGUUACGACG AAC A GAUGAAUGUUACUUCGUCAU U UA^ - C - UAGGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Aca-Mir-103-P4_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0021715 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGCUUCUUUACAGUGCUGCCUUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Aca-Mir-103-P4_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0021716 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUGA -60
Get sequence
|