MirGeneDB ID | Pma-Mir-103-o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-103 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pma-mir-103b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pma-Mir-103-o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-103-P2 Ami-Mir-103-P2 Bta-Mir-103-P2 Cfa-Mir-103-P2 Cja-Mir-103-P2 Cli-Mir-103-P2 Cmi-Mir-103-P2 Cpi-Mir-103-P2 Cpo-Mir-103-P2 Dno-Mir-103-P2 Dre-Mir-103-P2a Dre-Mir-103-P2b Eca-Mir-103-P2 Ete-Mir-103-P2 Gga-Mir-103-P2 Gja-Mir-103-P2 Gmo-Mir-103-P2a Gmo-Mir-103-P2b Hmi-Mir-103 Hsa-Mir-103-P2 Laf-Mir-103-P2 Lch-Mir-103-P2 Loc-Mir-103-P2 Mal-Mir-103-P2a Mal-Mir-103-P2b Mdo-Mir-103-P2 Mml-Mir-103-P2 Mmr-Mir-103-P2 Mmu-Mir-103-P2 Mun-Mir-103-P2 Neu-Mir-103-P2 Oan-Mir-103-P2 Ocu-Mir-103-P2 Pab-Mir-103-P2 Pbv-Mir-103-P2 Pfl-Mir-103 Pmi-Mir-103 Rno-Mir-103-P2 Sha-Mir-103-P2 Sko-Mir-103 Spt-Mir-103-P2 Spu-Mir-103 Sro-Mir-103 Sto-Mir-103-P2 Tgu-Mir-103-P2 Tni-Mir-103-P2a Tni-Mir-103-P2b Xbo-Mir-103 Xla-Mir-103-P2c Xla-Mir-103-P2d Xtr-Mir-103-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | P. marinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046097.1: 13332364-13332421 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCAGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGUUAACUGGGCAGUUUACCCUGUUCUCUCGGCCUCUUUACAGUGCUAUCUUGUAGCCUCAAUCAAGCAGCAUUGUACAGGGCUAUGAGAGAGCAAGGACAGCUCUUCAAAUCAUUAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGUUAACUGGGCAGUUUA-- C --| U U AU UAGC CC UGUUCUCUC GGCC CU UACAGUGCU CUUG C GG ACGAGAGAG UCGG GA AUGUUACGA GAAC U AAUUACUAAACUUCUCGACA A UA^ - C C- UAAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Pma-Mir-103-o2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0019442 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGCCUCUUUACAGUGCUAUCUUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Pma-Mir-103-o2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0019443 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUGA -58
Get sequence
|