MirGeneDB ID | Dre-Mir-103-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-103 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dre-Mir-103-P1a Dre-Mir-103-P1b Dre-Mir-103-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-103-P2 Ami-Mir-103-P2 Bta-Mir-103-P2 Cfa-Mir-103-P2 Cja-Mir-103-P2 Cli-Mir-103-P2 Cmi-Mir-103-P2 Cpi-Mir-103-P2 Cpo-Mir-103-P2 Dno-Mir-103-P2 Eca-Mir-103-P2 Ete-Mir-103-P2 Gga-Mir-103-P2 Gja-Mir-103-P2 Gmo-Mir-103-P2b Hmi-Mir-103 Hsa-Mir-103-P2 Laf-Mir-103-P2 Lch-Mir-103-P2 Loc-Mir-103-P2 Mal-Mir-103-P2b Mdo-Mir-103-P2 Mml-Mir-103-P2 Mmr-Mir-103-P2 Mmu-Mir-103-P2 Mun-Mir-103-P2 Neu-Mir-103-P2 Oan-Mir-103-P2 Ocu-Mir-103-P2 Pab-Mir-103-P2 Pbv-Mir-103-P2 Pfl-Mir-103 Pma-Mir-103-o2 Pmi-Mir-103 Rno-Mir-103-P2 Sha-Mir-103-P2 Sko-Mir-103 Spt-Mir-103-P2 Spu-Mir-103 Sro-Mir-103 Sto-Mir-103-P2 Tgu-Mir-103-P2 Tni-Mir-103-P2b Xbo-Mir-103 Xtr-Mir-103-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (danRer11) |
chr14: 44827467-44827526 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCAGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCAUGCACAGAUGAUUUACUCUUGGCUUUGAGCCUCUUUACAAUGCUGCCUUGUAGACCCAGAAUCAAGCAGCAUUGUACAGGGCUAUGAAAGCACAGAGACACACUUCCAUAUCAGACCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCAUGCACAGAUGAUUUA-- UG G--| U U C UAGAC CUCU GCUUU AGCC CU UACAAUGCUGC UUG C GAGA CGAAA UCGG GA AUGUUACGACG AAC C CCAGACUAUACCUUCACACA CA GUA^ - C - UAAGA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Dre-Mir-103-P2b_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGCCUCUUUACAAUGCUGCCUUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Dre-Mir-103-P2b_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUGA -60
Get sequence
|