MirGeneDB ID | Gmo-Mir-103-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-103 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gmo-mir-103-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gmo-Mir-103-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-103-P2 Ami-Mir-103-P2 Bta-Mir-103-P2 Cfa-Mir-103-P2 Cja-Mir-103-P2 Cli-Mir-103-P2 Cmi-Mir-103-P2 Cpi-Mir-103-P2 Cpo-Mir-103-P2 Dno-Mir-103-P2 Dre-Mir-103-P2b Eca-Mir-103-P2 Ete-Mir-103-P2 Gga-Mir-103-P2 Gja-Mir-103-P2 Hmi-Mir-103 Hsa-Mir-103-P2 Laf-Mir-103-P2 Lch-Mir-103-P2 Loc-Mir-103-P2 Mal-Mir-103-P2b Mdo-Mir-103-P2 Mml-Mir-103-P2 Mmr-Mir-103-P2 Mmu-Mir-103-P2 Mun-Mir-103-P2 Neu-Mir-103-P2 Oan-Mir-103-P2 Ocu-Mir-103-P2 Pab-Mir-103-P2 Pbv-Mir-103-P2 Pfl-Mir-103 Pma-Mir-103-o2 Pmi-Mir-103 Rno-Mir-103-P2 Sha-Mir-103-P2 Sko-Mir-103 Spt-Mir-103-P2 Spu-Mir-103 Sro-Mir-103 Sto-Mir-103-P2 Tgu-Mir-103-P2 Tni-Mir-103-P2b Xbo-Mir-103 Xtr-Mir-103-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
contig394168: 1003-1060 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCAGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGCGGACAUGUCUUUUGCUCUACGCUUUUAGCCUCUUUACAGUGCUGCCUUGUCGAGUUGUUCAAGCAGCAUUGUACAGGGCUAUGACAGCGUCGAGCGCCCCUCUCCCCUCGGGCCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGGCGGACAUGUCUUUU-- U UU--| U U C UCGA GCUC ACGCU UAGCC CU UACAGUGCUGC UUG G CGAG UGCGA AUCGG GA AUGUUACGACG AAC U CCGGGCUCCCCUCUCCCCG C CAGU^ - C - UUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Gmo-Mir-103-P2b_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0044049 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGCCUCUUUACAGUGCUGCCUUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Gmo-Mir-103-P2b_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0044050 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUGA -58
Get sequence
|