| MirGeneDB ID | Pve-Mir-22-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-22 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Vernerds tusk shell (Pictodentalium vernedei) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pve-Mir-22-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-22-P2 Aga-Mir-22-P2 Agr-Mir-22-P2 Asu-Mir-22-P2 Bfl-Mir-22-P2a Bfl-Mir-22-P2b Bfl-Mir-22-P2c Bge-Mir-22-P2 Bla-Mir-22-P2a Bla-Mir-22-P2b Bla-Mir-22-P2c Cbr-Mir-22-P2-v1 Cel-Mir-22-P2 Csc-Mir-22-P2 Cte-Mir-22-P2 Dan-Mir-22-P2 Dlo-Mir-22-P2 Dma-Mir-22-P2 Dme-Mir-22-P2 Dmo-Mir-22-P2 Dpu-Mir-22-P2 Dsi-Mir-22-P2 Dya-Mir-22-P2 Eba-Mir-22-P2 Esc-Mir-22-P2 Gpa-Mir-22-P2 Hme-Mir-22-P2 Hru-Mir-22-P2 Isc-Mir-22-P2 Lan-Mir-22-P2 Lgi-Mir-22-P2 Lhy-Mir-22-P2 Llo-Mir-22-P2 Lpo-Mir-22-P2f Lpo-Mir-22-P2g Lpo-Mir-22-P2h Lpo-Mir-22-P2i Mgi-Mir-22-P2 Mom-Mir-22-P2 Npo-Mir-22-P2 Ofu-Mir-22-P2j Ofu-Mir-22-P2k Ovu-Mir-22-P2 Pau-Mir-22-P2 Pca-Mir-22-P2 Pcr-Mir-22-P2l Pcr-Mir-22-P2m Pdu-Mir-22-P2 Pfl-Mir-22-P2 Pmi-Mir-22-P2 Rph-Mir-22-P2 Sko-Mir-22-P2 Snu-Mir-22-P2 Spu-Mir-22-P2 Tca-Mir-22-P2-v1 Tur-Mir-22-P2 War-Mir-22-P2 Xbo-Mir-22-P2d Xbo-Mir-22-P2e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Pve_genome_chr_only) |
Pve_Chr7: 236402467-236402529 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-22-P2) |
Mir-22-P2
Pve_Chr7: 236402467-236402529 [-]
Ensembl
Mir-22-P1 Pve_Chr7: 236426519-236426576 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGCUGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGACACUUGGAAAGAUCACGCUCUCUUGUAGCUCUUCUUUUGGUAUAGCUAUCUCAGGAUAUAAAUUUGGGAGCUGCCAAAUGAAGGGCUGUGUUAGAGUGUACUGGCAUCAUCAACAGGUAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUGACACUUGGAAAGAUC--| CU GU U AU AU UCAGGAU ACGCUCU U AGCUCUUC UUUGGU AGCU C \ UGUGAGA G UCGGGAAG AAACCG UCGA G A AUGGACAACUACUACGGUCA^ UU UG U -- GG UUUAAAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Pve-Mir-22-P2_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCUCUUCUUUUGGUAUAGCUAUC -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Pve-Mir-22-P2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- GAGCUGCCAAAUGAAGGGCUGU -63
Get sequence
|
