MirGeneDB ID | Mmu-Mir-10-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACCCGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-99b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Mir-10-P1b-v1 Mmu-Mir-10-P1b-v2 Mmu-Mir-10-P1c-v1 Mmu-Mir-10-P1c-v2 Mmu-Mir-10-P2c Mmu-Mir-10-P2d Mmu-Mir-10-P3b Mmu-Mir-10-P3c Mmu-Mir-10-P3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-10-P2 Aca-Mir-10-P2b Ami-Mir-10-P2b Bfl-Mir-10-P2-v1 Bfl-Mir-10-P2-v2 Bge-Mir-10-P2 Bla-Mir-10-P2-v1 Bla-Mir-10-P2-v2 Bpl-Mir-10-P2 Bta-Mir-10-P2b Cbr-Mir-10-P2 Cel-Mir-10-P2 Cfa-Mir-10-P2b Cgi-Mir-10-P2 Cin-Mir-10-P2 Cpi-Mir-10-P2b Cpo-Mir-10-P2b Cte-Mir-10-P2 Dan-Mir-10-P2 Dma-Mir-10-P2 Dme-Mir-10-P2 Dmo-Mir-10-P2 Dpu-Mir-10-P2 Dsi-Mir-10-P2 Dya-Mir-10-P2 Ete-Mir-10-P2b Gja-Mir-10-P2b Hsa-Mir-10-P2b Isc-Mir-10-P2 Lan-Mir-10-P2 Lch-Mir-10-P2b Lgi-Mir-10-P2 Mml-Mir-10-P2b Mun-Mir-10-P2b Npo-Mir-10-P2 Nve-Mir-10 Oan-Mir-10-P2b Obi-Mir-10-P2 Ocu-Mir-10-P2b Ovu-Mir-10-P2 Pbv-Mir-10-P2b Pfl-Mir-10-P2 Pmi-Mir-10-P2 Rno-Mir-10-P2b Sha-Mir-10-P2b Sko-Mir-10-P2 Spt-Mir-10-P2b Sto-Mir-10-P2b Tca-Mir-10-P2 Xbo-Mir-10-P2 Xbo-Mir-10-P2-as Xla-Mir-10-P2b1 Xla-Mir-10-P2b2 Xtr-Mir-10-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr17: 17830194-17830253 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-10-P2b) |
Mir-10-P2b
chr17: 17830194-17830253 [+]
UCSC
Ensembl
Let-7-P1b chr17: 17830366-17830432 [+] UCSC Ensembl Mir-10-P3b chr17: 17830817-17830876 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGGGGGCCCGGACUCCUGGGUCCUGGCACCCACCCGUAGAACCGACCUUGCGGGGCCUUCGCCGCACACAAGCUCGUGUCUGUGGGUCCGUGUCGGGGGCUCACCAUCGCGGCUGGGACCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CGGGGGCCCGGACUCCU- -| CC AC C CGGGGCCU GGG UCCUGGCAC ACCCGUAGA CGA CUUG U CUC GGGGCUGUG UGGGUGUCU GCU GAAC C CCAGGGUCGGCGCUACCA G^ CC GU C ACACGCCG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | Based on the 3' moR reads in human (P2b) and platypus (P2c) it appears that this is a Group 2 miRNA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Mmu-Mir-10-P2b_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0000132 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CACCCGUAGAACCGACCUUGCG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000132 TargetScanVert: mmu-miR-99b-5p miRDB: MIMAT0000132 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Mmu-Mir-10-P2b_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0004525 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CAAGCUCGUGUCUGUGGGUCCG -60
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004525 TargetScanVert: mmu-miR-99b-3p miRDB: MIMAT0004525 |