| MirGeneDB ID | Oan-Mir-10-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACCCGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Platypus (Ornithorhynchus anatinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Oan-Mir-10-P1b-v1 Oan-Mir-10-P1b-v2 Oan-Mir-10-P1c-v1 Oan-Mir-10-P1c-v2 Oan-Mir-10-P2c Oan-Mir-10-P2d Oan-Mir-10-P3b Oan-Mir-10-P3c Oan-Mir-10-P3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-10-P2 Aca-Mir-10-P2b Ami-Mir-10-P2b Bfl-Mir-10-P2-v1 Bfl-Mir-10-P2-v2 Bge-Mir-10-P2 Bla-Mir-10-P2-v1 Bla-Mir-10-P2-v2 Bpl-Mir-10-P2 Bta-Mir-10-P2b Cbr-Mir-10-P2 Cel-Mir-10-P2 Cfa-Mir-10-P2b Cgi-Mir-10-P2 Cin-Mir-10-P2 Cpi-Mir-10-P2b Cpo-Mir-10-P2b Cte-Mir-10-P2 Dan-Mir-10-P2 Dma-Mir-10-P2 Dme-Mir-10-P2 Dmo-Mir-10-P2 Dpu-Mir-10-P2 Dsi-Mir-10-P2 Dya-Mir-10-P2 Ete-Mir-10-P2b Gja-Mir-10-P2b Hsa-Mir-10-P2b Isc-Mir-10-P2 Lan-Mir-10-P2 Lch-Mir-10-P2b Lgi-Mir-10-P2 Mml-Mir-10-P2b Mmu-Mir-10-P2b Mun-Mir-10-P2b Npo-Mir-10-P2 Nve-Mir-10 Obi-Mir-10-P2 Ocu-Mir-10-P2b Ovu-Mir-10-P2 Pbv-Mir-10-P2b Pfl-Mir-10-P2 Pmi-Mir-10-P2 Rno-Mir-10-P2b Sha-Mir-10-P2b Sko-Mir-10-P2 Spt-Mir-10-P2b Sto-Mir-10-P2b Tca-Mir-10-P2 Xbo-Mir-10-P2 Xbo-Mir-10-P2-as Xla-Mir-10-P2b1 Xla-Mir-10-P2b2 Xtr-Mir-10-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mOrnAna1.p.v1_plustraces) |
NC_041732.1: 4966871-4966930 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGCACCCCGGCCGACCUGCUGCCUGCCACCCACCCGUAGAUCCGAACUUGCGGGGCGACGGCCGCACACAAGCUCGCGUCUGUGGGUCUGUGUCGGAUCGGCAACGACUCCCGGCCCCGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GGCACCCCGGCCGACCU- C-| C CC C A CGGGGCGA GCUG CUG CAC ACCCGUAGAU CGA CUUG C CGGC GGC GUG UGGGUGUCUG GCU GAAC G GGCCCCGGCCCUCAGCAA UA^ U UC C C ACACGCCG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | Based on the 3' moR reads in human (P2b) and platypus (P2c) it appears that this is a Group 2 miRNA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Oan-Mir-10-P2b_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CACCCGUAGAUCCGAACUUGCG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Oan-Mir-10-P2b_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAAGCUCGCGUCUGUGGGUCUG -60
Get sequence
|
