| MirGeneDB ID | Lgi-Mir-252-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-252 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAAGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Owl limpet (Lottia gigantea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | lgi-mir-252b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Lgi-Mir-252-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-252-P1 Bfl-Mir-252-P1-v1 Bfl-Mir-252-P1-v2 Bge-Mir-252-P1 Bla-Mir-252-P1-v1 Bla-Mir-252-P1-v2 Cbr-Mir-252-P1 Cel-Mir-252-P1 Cgi-Mir-252-P1 Csc-Mir-252-P1 Cte-Mir-252-P1 Dan-Mir-252-P1a Dan-Mir-252-P1b Dma-Mir-252-P1-v1 Dma-Mir-252-P1-v2 Dme-Mir-252-P1a Dme-Mir-252-P1b Dmo-Mir-252-P1a Dmo-Mir-252-P1b Dpu-Mir-252-P1 Dsi-Mir-252-P1a Dsi-Mir-252-P1b Dya-Mir-252-P1a Dya-Mir-252-P1b Esc-Mir-252-P1 Hme-Mir-252-P1 Isc-Mir-252-P1 Lan-Mir-252-P1 Lpo-Mir-252-P1c Lpo-Mir-252-P1e Lpo-Mir-252-P1f Npo-Mir-252-P1 Obi-Mir-252-P1 Ovu-Mir-252-P1 Pfl-Mir-252-P1 Pmi-Mir-252-P1 Sko-Mir-252-P1 Spu-Mir-252-P1 Tca-Mir-252-P1 Xbo-Mir-252-P1g Xbo-Mir-252-P1h Xbo-Mir-252-P1i | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Lotgi1) |
LOTGIsca_150: 486133-486191 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-252-P1) |
Mir-252-P2
LOTGIsca_150: 483957-484016 [-]
Ensembl
Mir-252-P1 LOTGIsca_150: 486133-486191 [-] Ensembl Mir-2001 LOTGIsca_150: 486301-486357 [-] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUGUGAAGGUUGUUGUCUGUCAUGGUAACUAUAAGUAGUGGUGCCGCAGGUAUGAUAUUGAUGGCUACCUGCUUCAUCACUAUUUACUGUUAAUCUGAUAAUGUCACCAAGAUGGAGUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AUGUGAAGGUUGUUGUC--| UGG UA CC UGAUAU UGUCA UAAC UAAGUAGUGGUG GCAGGUA \ AUAGU AUUG AUUUAUCACUAC CGUCCAU U UUGAGGUAGAACCACUGUA^ CUA UC UU CGGUAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Lgi-Mir-252-P1_5p (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0009682 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUAAGUAGUGGUGCCGCAGGUA -22
Get sequence
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| Star sequence | Lgi-Mir-252-P1_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CCUGCUUCAUCACUAUUUACUG -59
Get sequence
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