| MirGeneDB ID | Bfl-Mir-252-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-252 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | bfl-mir-252b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bfl-Mir-252-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-252-P1 Asu-Mir-252-P1 Bge-Mir-252-P1 Bla-Mir-252-P1-v1 Cbr-Mir-252-P1 Cel-Mir-252-P1 Csc-Mir-252-P1k Csc-Mir-252-P1l Cte-Mir-252-P1 Dan-Mir-252-P1a Dan-Mir-252-P1b Dgr-Mir-252-P1 Dlo-Mir-252-P1 Dma-Mir-252-P1 Dme-Mir-252-P1a Dme-Mir-252-P1b Dmo-Mir-252-P1a Dmo-Mir-252-P1b Dpu-Mir-252-P1 Dsi-Mir-252-P1a Dsi-Mir-252-P1b Dya-Mir-252-P1a Dya-Mir-252-P1b Eba-Mir-252-P1 Esc-Mir-252-P1 Hme-Mir-252-P1 Hmi-Mir-252-P1 Hru-Mir-252-P1 Isc-Mir-252-P1 Lan-Mir-252-P1 Lgi-Mir-252-P1 Lhy-Mir-252-P1 Llo-Mir-252-P1 Lpo-Mir-252-P1c Lpo-Mir-252-P1e Lpo-Mir-252-P1f Mgi-Mir-252-P1 Mom-Mir-252-P1 Npo-Mir-252-P1 Obi-Mir-252-P1 Ofu-Mir-252-P1 Ovu-Mir-252-P1 Pau-Mir-252-P1 Pca-Mir-252-P1 Pdu-Mir-252-P1 Pfl-Mir-252-P1 Pmi-Mir-252-P1 Rph-Mir-252-P1 Sko-Mir-252-P1 Snu-Mir-252-P1 Spu-Mir-252-P1 Sro-Mir-252-P1o1 Sro-Mir-252-P1o2 Tca-Mir-252-P1 Tur-Mir-252-P1 War-Mir-252-P1 Xbo-Mir-252-P1g Xbo-Mir-252-P1h Xbo-Mir-252-P1i Xbo-Mir-252-P1j | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049982.1: 20093383-20093447 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-252-P1-v1) |
Mir-252-P2
NC_049982.1: 20092666-20092725 [-]
UCSC
Mir-252-P1-v2 NC_049982.1: 20093381-20093449 [-] UCSC Mir-252-P1-v1 NC_049982.1: 20093383-20093447 [-] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Bfl-Mir-252-P1-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAAGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAGUUUGAGAUGAAAGCGACUGUCUCUGUGCUAAGUAGUACUGCCGCAGGGAGUGCUGUGGACUGAUUCUAUCCCCUGCGCAGUCCUACUUACAACAGGGAACAUUUCUAAUGCUUCAAACUUCAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UAGUUUGAGAUGAAAGCGAC- -| GC U C AGUGCUGUGG UG UCUCUGU UAAGUAG ACUGC GCAGGG A AC AGGGACA AUUCAUC UGACG CGUCCC C ACUUCAAACUUCGUAAUCUUU A^ AC C - CUAUCUUAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Bfl-Mir-252-P1-v1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0009499 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUAAGUAGUACUGCCGCAGGGAG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Bfl-Mir-252-P1-v1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0019151 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- CCCUGCGCAGUCCUACUUACAA -65
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Bfl-Mir-252-P1-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GCUAAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGUAGUUUGAGAUGAAAGCGACUGUCUCUGUGCUAAGUAGUACUGCCGCAGGGAGUGCUGUGGACUGAUUCUAUCCCCUGCGCAGUCCUACUUACAACAGGGAACAUUUCUAAUGCUUCAAACUUCACCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGUAGUUUGAGAUGAAAGCGAC- -| GC U C AGUGCUGUGG UG UCUCUGU UAAGUAG ACUGC GCAGGG A AC AGGGACA AUUCAUC UGACG CGUCCC C CCACUUCAAACUUCGUAAUCUUU A^ AC C - CUAUCUUAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Bfl-Mir-252-P1-v2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0009499 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCUAAGUAGUACUGCCGCAGGGA -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Bfl-Mir-252-P1-v2_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0019151 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
46- CCUGCGCAGUCCUACUUACAACA -69
Get sequence
|
