MirGeneDB ID | Pmi-Mir-252-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-252 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAAGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Bat starfish (Patiria miniata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pmi-mir-252b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pmi-Mir-252-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Asu-Mir-252-P1 Bfl-Mir-252-P1-v1 Bfl-Mir-252-P1-v2 Bge-Mir-252-P1 Bla-Mir-252-P1-v1 Bla-Mir-252-P1-v2 Cbr-Mir-252-P1 Cel-Mir-252-P1 Cgi-Mir-252-P1 Csc-Mir-252-P1 Cte-Mir-252-P1 Dan-Mir-252-P1a Dan-Mir-252-P1b Dma-Mir-252-P1-v1 Dma-Mir-252-P1-v2 Dme-Mir-252-P1a Dme-Mir-252-P1b Dmo-Mir-252-P1a Dmo-Mir-252-P1b Dpu-Mir-252-P1 Dsi-Mir-252-P1a Dsi-Mir-252-P1b Dya-Mir-252-P1a Dya-Mir-252-P1b Esc-Mir-252-P1 Hme-Mir-252-P1 Isc-Mir-252-P1 Lan-Mir-252-P1 Lgi-Mir-252-P1 Lpo-Mir-252-P1c Lpo-Mir-252-P1e Lpo-Mir-252-P1f Npo-Mir-252-P1 Obi-Mir-252-P1 Ovu-Mir-252-P1 Pfl-Mir-252-P1 Sko-Mir-252-P1 Spu-Mir-252-P1 Tca-Mir-252-P1 Xbo-Mir-252-P1g Xbo-Mir-252-P1h Xbo-Mir-252-P1i | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Pmin1) |
JH773771.1: 6932-6991 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-252-P1) |
Mir-252-P1
JH773771.1: 6932-6991 [+]
Mir-252-P2 JH773771.1: 7688-7753 [+] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUACCGCUUUGUGUUUGGUUCCCACCACGCUAAGUAGUAGUGCCGCAGGUAUUUCGUGAGGAACUUUACCUGCGCAUUACUCCUUAAUGUGGAGGCUACCACGAACUACACGUUGAUUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUUACCGCUUUGUGUUU--| UC A C U C UUUCGUG GGU CC CCACG UAAG AGUAGUGC GCAGGUA \ CCA GG GGUGU AUUC UCAUUACG CGUCCAU A UUUAGUUGCACAUCAAGCA^ UC A A C - UUCAAGG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Pmi-Mir-252-P1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0032171 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUAAGUAGUAGUGCCGCAGGUA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Pmi-Mir-252-P1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- CCUGCGCAUUACUCCUUAAUG -60
Get sequence
|