| MirGeneDB ID | Dan-Mir-252-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-252 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila ananassae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dan-Mir-252-P1a Dan-Mir-252-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-252-P1 Asu-Mir-252-P1 Bfl-Mir-252-P1-v1 Bge-Mir-252-P1 Bla-Mir-252-P1-v1 Cbr-Mir-252-P1 Cel-Mir-252-P1 Cte-Mir-252-P1 Dgr-Mir-252-P1 Dlo-Mir-252-P1 Dma-Mir-252-P1 Dme-Mir-252-P1b Dmo-Mir-252-P1b Dpu-Mir-252-P1 Dsi-Mir-252-P1b Dya-Mir-252-P1b Eba-Mir-252-P1 Esc-Mir-252-P1 Hme-Mir-252-P1 Hmi-Mir-252-P1 Hru-Mir-252-P1 Isc-Mir-252-P1 Lan-Mir-252-P1 Lgi-Mir-252-P1 Lhy-Mir-252-P1 Llo-Mir-252-P1 Mgi-Mir-252-P1 Mom-Mir-252-P1 Npo-Mir-252-P1 Obi-Mir-252-P1 Ofu-Mir-252-P1 Ovu-Mir-252-P1 Pau-Mir-252-P1 Pca-Mir-252-P1 Pdu-Mir-252-P1 Pfl-Mir-252-P1 Pmi-Mir-252-P1 Rph-Mir-252-P1 Sko-Mir-252-P1 Snu-Mir-252-P1 Spu-Mir-252-P1 Tca-Mir-252-P1 Tur-Mir-252-P1 War-Mir-252-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dana_caf1) |
scaffold_12943: 1815419-1815480 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-252-P1b) |
Mir-252-P1b
scaffold_12943: 1815419-1815480 [-]
Ensembl
Mir-252-P1a scaffold_12943: 1815568-1815630 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAAGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUAAAUAUCUGUGCAAACUAAAUCAUGUGUUUAAGUAGGCAAUACAUGGGCGACUAAAUAAAAUAUACUCGCAAUGUAUAGCCUACAUAACUAGUUGAUUUUUGCAAGCAUCCAUUACAAAUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUAAAUAUCUGUGCAAACU-- UGU-| UAA A GG CUAAAUA AAAUCA GUU GUAGGC AUACAU GCGA \ UUUAGU CAA CAUCCG UAUGUA CGCU A UAAACAUUACCUACGAACGUU UGAU^ UA- A A- CAUAUAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | Not in assembly but in trace archive. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dan-Mir-252-P1b_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUAAGUAGGCAAUACAUGGGCGA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dan-Mir-252-P1b_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- GCAAUGUAUAGCCUACAUAACU -62
Get sequence
|
