| MirGeneDB ID | Mom-Mir-252-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-252 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Mossy chiton (Mopalia muscosa) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mom-Mir-252-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-252-P1 Asu-Mir-252-P1 Bfl-Mir-252-P1-v1 Bge-Mir-252-P1 Bla-Mir-252-P1-v1 Cbr-Mir-252-P1 Cel-Mir-252-P1 Csc-Mir-252-P1k Csc-Mir-252-P1l Cte-Mir-252-P1 Dan-Mir-252-P1a Dan-Mir-252-P1b Dgr-Mir-252-P1 Dlo-Mir-252-P1 Dma-Mir-252-P1 Dme-Mir-252-P1a Dme-Mir-252-P1b Dmo-Mir-252-P1a Dmo-Mir-252-P1b Dpu-Mir-252-P1 Dsi-Mir-252-P1a Dsi-Mir-252-P1b Dya-Mir-252-P1a Dya-Mir-252-P1b Eba-Mir-252-P1 Esc-Mir-252-P1 Hme-Mir-252-P1 Hmi-Mir-252-P1 Hru-Mir-252-P1 Isc-Mir-252-P1 Lan-Mir-252-P1 Lgi-Mir-252-P1 Lhy-Mir-252-P1 Llo-Mir-252-P1 Lpo-Mir-252-P1c Lpo-Mir-252-P1e Lpo-Mir-252-P1f Mgi-Mir-252-P1 Npo-Mir-252-P1 Obi-Mir-252-P1 Ofu-Mir-252-P1 Ovu-Mir-252-P1 Pau-Mir-252-P1 Pca-Mir-252-P1 Pdu-Mir-252-P1 Pfl-Mir-252-P1 Pmi-Mir-252-P1 Rph-Mir-252-P1 Sko-Mir-252-P1 Snu-Mir-252-P1 Spu-Mir-252-P1 Sro-Mir-252-P1o1 Sro-Mir-252-P1o2 Tca-Mir-252-P1 Tur-Mir-252-P1 War-Mir-252-P1 Xbo-Mir-252-P1g Xbo-Mir-252-P1h Xbo-Mir-252-P1i Xbo-Mir-252-P1j | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_031763545.1_ASM3176354v1_genomic_Mom) |
JARFOD010132739.1: 22688-22745 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-252-P1) |
Mir-2001
JARFOD010132739.1: 22313-22372 [+]
Ensembl
Mir-252-P1 JARFOD010132739.1: 22688-22745 [+] Ensembl Mir-252-P2 JARFOD010132739.1: 23245-23304 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAAGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGUGAUGAUCUGACUUUAUACUGGACGUUAUAAGUAGUGGUGCCGCAGGUAGUGUUUUAACCGAUACCUGUACAUCCCUGCUUACUCCGUCCUUUGGUAACCCCUGUAUUCCUGCACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UGGUGAUGAUCUGACUUUA ---| UUA U CC GUGUUU UACU GGACG UAAGUAG GGUG GCAGGUA \ AUGG CCUGC AUUCGUC CUAC UGUCCAU U CACGUCCUUAUGUCCCCA- UUU^ CUC C A- AGCCAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mom-Mir-252-P1_5p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUAAGUAGUGGUGCCGCAGGUA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mom-Mir-252-P1_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CCUGUACAUCCCUGCUUACUC -58
Get sequence
|
