| MirGeneDB ID | Lpo-Mir-252-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-252 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Atlantic horseshoe crab (Limulus polyphemus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Lpo-Mir-252-P1e Lpo-Mir-252-P1f Lpo-Mir-252-P2c Lpo-Mir-252-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-252-P1 Asu-Mir-252-P1 Bfl-Mir-252-P1-v1 Bge-Mir-252-P1 Bla-Mir-252-P1-v1 Cbr-Mir-252-P1 Cel-Mir-252-P1 Cte-Mir-252-P1 Dgr-Mir-252-P1 Dlo-Mir-252-P1 Dma-Mir-252-P1 Dpu-Mir-252-P1 Eba-Mir-252-P1 Esc-Mir-252-P1 Hme-Mir-252-P1 Hmi-Mir-252-P1 Hru-Mir-252-P1 Isc-Mir-252-P1 Lan-Mir-252-P1 Lgi-Mir-252-P1 Lhy-Mir-252-P1 Llo-Mir-252-P1 Mgi-Mir-252-P1 Mom-Mir-252-P1 Npo-Mir-252-P1 Obi-Mir-252-P1 Ofu-Mir-252-P1 Ovu-Mir-252-P1 Pau-Mir-252-P1 Pca-Mir-252-P1 Pdu-Mir-252-P1 Pfl-Mir-252-P1 Pmi-Mir-252-P1 Rph-Mir-252-P1 Sko-Mir-252-P1 Snu-Mir-252-P1 Spu-Mir-252-P1 Tca-Mir-252-P1 Tur-Mir-252-P1 War-Mir-252-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | L. polyphemus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000517525.1_Limulus_polyphemus-2.1.2_genomic) |
NW_013676376.1: 8410-8468 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-252-P1c) |
Mir-252-P1c
NW_013676376.1: 8410-8468 [+]
Ensembl
Mir-252-P2c NW_013676376.1: 17174-17232 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAAGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGUUUUAACAUUCUUUGACGUUUCGCCUACUAAGUAGUGGUGCCGCAGGUAAUAAUGGUAAUGUUUACUUGCACACAACUGCUUAAUAGGUCAGACGAGUAGCCAUCUGUGGGUCAGAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUGUUUUAACAUUCUUUGA--| C C G CC UAAUG CGUUU GCCUA UAAGUAGU GUG GCAGGUAA G GCAGA UGGAU AUUCGUCA CAC CGUUCAUU U AGACUGGGUGUCUACCGAUGA^ C A A A- UGUAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Lpo-Mir-252-P1c_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUAAGUAGUGGUGCCGCAGGUAA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Lpo-Mir-252-P1c_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- ACUUGCACACAACUGCUUAAUA -59
Get sequence
|
