| MirGeneDB ID | Lpo-Mir-252-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-252 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Atlantic horseshoe crab (Limulus polyphemus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Lpo-Mir-252-P1c Lpo-Mir-252-P1e Lpo-Mir-252-P1f Lpo-Mir-252-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-252-P2 Aga-Mir-252-P2 Agr-Mir-252-P2 Bfl-Mir-252-P2 Bge-Mir-252-P2-v1 Bla-Mir-252-P2 Cbr-Mir-252-P2 Cel-Mir-252-P2 Cte-Mir-252-P2 Dan-Mir-252-P2-v1 Dlo-Mir-252-P2 Dma-Mir-252-P2-v1 Dme-Mir-252-P2-v1 Dmo-Mir-252-P2-v1 Dpu-Mir-252-P2-v1 Dsi-Mir-252-P2-v1 Dya-Mir-252-P2-v1 Eba-Mir-252-P2 Gpa-Mir-252-P2 Hme-Mir-252-P2 Hru-Mir-252-P2 Isc-Mir-252-P2-v1 Lan-Mir-252-P2 Lgi-Mir-252-P2 Llo-Mir-252-P2 Mgi-Mir-252-P2 Mom-Mir-252-P2 Npo-Mir-252-P2 Ofu-Mir-252-P2 Pau-Mir-252-P2 Pcr-Mir-252-P2 Pdu-Mir-252-P2 Pfl-Mir-252-P2 Pmi-Mir-252-P2 Pve-Mir-252-P2 Sko-Mir-252-P2 Snu-Mir-252-P2 Spu-Mir-252-P2 Tca-Mir-252-P2 Tur-Mir-252-P2-v1 War-Mir-252-P2 Xbo-Mir-252-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | L. polyphemus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000517525.1_Limulus_polyphemus-2.1.2_genomic) |
NW_013676376.1: 17174-17232 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-252-P2c) |
Mir-252-P1c
NW_013676376.1: 8410-8468 [+]
Ensembl
Mir-252-P2c NW_013676376.1: 17174-17232 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAAGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUAUUUGACGAACGAGUAGAGAACCCAAUUCUAAGUACUAGCGCCGCAGGAGUCUUAUUCAAUACCUCCUGCAGCCUUAGUGCUUACCAUGGGGUAGUCACUUCUCAGCUCAUCAUUGCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AUAUUUGACGAACGAGUA--| GA AAUUC C C UCUUAU GA ACCC UAAGUACUAG GC GCAGGAG \ CU UGGG AUUCGUGAUU CG CGUCCUC U CGUUACUACUCGACUCUUCA^ GA GUACC C A CAUAAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Lpo-Mir-252-P2c_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUAAGUACUAGCGCCGCAGGAG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Lpo-Mir-252-P2c_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CCUGCAGCCUUAGUGCUUACCA -59
Get sequence
|
