| MirGeneDB ID | Xbo-Mir-252-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-252 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Xenoturbella (Xenoturbella bocki) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xbo-Mir-252-P1g Xbo-Mir-252-P1h Xbo-Mir-252-P1i Xbo-Mir-252-P1j | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-252-P2 Aga-Mir-252-P2 Agr-Mir-252-P2 Bfl-Mir-252-P2 Bge-Mir-252-P2-v1 Bla-Mir-252-P2 Cbr-Mir-252-P2 Cel-Mir-252-P2 Csc-Mir-252-P2k Csc-Mir-252-P2l-v1 Cte-Mir-252-P2 Dan-Mir-252-P2-v1 Dlo-Mir-252-P2 Dma-Mir-252-P2-v1 Dme-Mir-252-P2-v1 Dmo-Mir-252-P2-v1 Dpu-Mir-252-P2-v1 Dsi-Mir-252-P2-v1 Dya-Mir-252-P2-v1 Eba-Mir-252-P2 Gpa-Mir-252-P2 Hme-Mir-252-P2 Hru-Mir-252-P2 Isc-Mir-252-P2-v1 Lan-Mir-252-P2 Lgi-Mir-252-P2 Llo-Mir-252-P2 Lpo-Mir-252-P2c Lpo-Mir-252-P2d Mgi-Mir-252-P2 Mom-Mir-252-P2 Npo-Mir-252-P2 Ofu-Mir-252-P2 Pau-Mir-252-P2 Pcr-Mir-252-P2 Pdu-Mir-252-P2 Pfl-Mir-252-P2 Pmi-Mir-252-P2 Pve-Mir-252-P2 Sko-Mir-252-P2 Snu-Mir-252-P2 Spu-Mir-252-P2 Tca-Mir-252-P2 Tur-Mir-252-P2-v1 War-Mir-252-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (genome.xe) |
scaffold836: 41595-41649 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-252-P2) |
Mir-252-P2
scaffold836: 41595-41649 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-252-P1g scaffold836: 42917-42972 [-] UCSC Ensembl Mir-2001 scaffold836: 44083-44141 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAAGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCACUGCAUGCAGUUUUAGCUGACUCAAUUCUAAGUACUAGAGCCGUAGGUGGUCAUAAGUCACCUACUACGCUAGUGCUUAAAAUGGUGUUGGUGUCUAUCAUCGCGCAACGUCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UCACUGCAUGCAGUUUUA--| UG UCA C AGCC GUCA GC AC AUU UAAGUACUAG GUAGGUG \ UG UG UAA AUUCGUGAUC CAUCCAC U CUGCAACGCGCUACUAUCUG^ GU UGG A GCAU UGAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Xbo-Mir-252-P2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUAAGUACUAGAGCCGUAGGUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Xbo-Mir-252-P2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
33- CCUACUACGCUAGUGCUUAAAA -55
Get sequence
|
