| MirGeneDB ID | Csc-Mir-252-P2k | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-252 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Arizona bark scorpion (Centruroides sculpturatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Csc-Mir-252-P1k Csc-Mir-252-P1l Csc-Mir-252-P2l-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-252-P2 Aga-Mir-252-P2 Agr-Mir-252-P2 Bfl-Mir-252-P2 Bge-Mir-252-P2-v1 Bla-Mir-252-P2 Cbr-Mir-252-P2 Cel-Mir-252-P2 Cte-Mir-252-P2 Dan-Mir-252-P2-v1 Dlo-Mir-252-P2 Dma-Mir-252-P2-v1 Dme-Mir-252-P2-v1 Dmo-Mir-252-P2-v1 Dpu-Mir-252-P2-v1 Dsi-Mir-252-P2-v1 Dya-Mir-252-P2-v1 Eba-Mir-252-P2 Gpa-Mir-252-P2 Hme-Mir-252-P2 Hru-Mir-252-P2 Isc-Mir-252-P2-v1 Lan-Mir-252-P2 Lgi-Mir-252-P2 Llo-Mir-252-P2 Mgi-Mir-252-P2 Mom-Mir-252-P2 Npo-Mir-252-P2 Ofu-Mir-252-P2 Pau-Mir-252-P2 Pcr-Mir-252-P2 Pdu-Mir-252-P2 Pfl-Mir-252-P2 Pmi-Mir-252-P2 Pve-Mir-252-P2 Sko-Mir-252-P2 Snu-Mir-252-P2 Spu-Mir-252-P2 Tca-Mir-252-P2 Tur-Mir-252-P2-v1 War-Mir-252-P2 Xbo-Mir-252-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. sculpturatus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000671375.1_CSC) |
NW_019384632.1: 332578-332635 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-252-P2k) |
Mir-252-P1k
NW_019384632.1: 328041-328098 [+]
Ensembl
Mir-252-P2k NW_019384632.1: 332578-332635 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAAGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGAUUUAAGAGGAAUAGUGCCAUUCUUUCCUAAGUACUAGCGCCGUAGGAGAUCUUUAAAACACUCCUGCAGCCUUGGUGCUUACCAUAGAAUGUCACGUGACUGGCUUCCCGUGUUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CAGAUUUAAGAGGAAUA--| C UUCC C C AUCUU GUG CAUUCU UAAGUACUAG GC GUAGGAG U CAC GUAAGA AUUCGUGGUU CG CGUCCUC A UUGUGCCCUUCGGUCAGUG^ U UACC C A ACAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | There is a second Dicer cut -1 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Csc-Mir-252-P2k_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUAAGUACUAGCGCCGUAGGAG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Csc-Mir-252-P2k_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CCUGCAGCCUUGGUGCUUACCA -58
Get sequence
|
