| MirGeneDB ID | Tur-Mir-252-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-252 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Two-spotted spider mite (Tetranychus urticae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tur-mir-252 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tur-Mir-252-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-252-P2 Aga-Mir-252-P2 Agr-Mir-252-P2 Bfl-Mir-252-P2 Bge-Mir-252-P2-v1 Bla-Mir-252-P2 Cbr-Mir-252-P2 Cel-Mir-252-P2 Csc-Mir-252-P2k Csc-Mir-252-P2l-v1 Cte-Mir-252-P2 Dan-Mir-252-P2-v1 Dlo-Mir-252-P2 Dma-Mir-252-P2-v1 Dme-Mir-252-P2-v1 Dmo-Mir-252-P2-v1 Dpu-Mir-252-P2-v1 Dsi-Mir-252-P2-v1 Dya-Mir-252-P2-v1 Eba-Mir-252-P2 Gpa-Mir-252-P2 Hme-Mir-252-P2 Hru-Mir-252-P2 Isc-Mir-252-P2-v1 Lan-Mir-252-P2 Lgi-Mir-252-P2 Llo-Mir-252-P2 Lpo-Mir-252-P2c Lpo-Mir-252-P2d Mgi-Mir-252-P2 Mom-Mir-252-P2 Npo-Mir-252-P2 Ofu-Mir-252-P2 Pau-Mir-252-P2 Pcr-Mir-252-P2 Pdu-Mir-252-P2 Pfl-Mir-252-P2 Pmi-Mir-252-P2 Pve-Mir-252-P2 Sko-Mir-252-P2 Snu-Mir-252-P2 Spu-Mir-252-P2 Tca-Mir-252-P2 War-Mir-252-P2 Xbo-Mir-252-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000239435.1_ASM23943v1_genomic_TUR_traces) |
HE587307.1: 717896-717972 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-252-P2-v1) |
Mir-252-P2-v1
HE587307.1: 717896-717972 [-]
Ensembl
Mir-252-P2-v2 HE587307.1: 717897-717971 [-] Ensembl |
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| Variant | Tur-Mir-252-P2-v1 |
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| Seed | UAAGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUCGACUGAAUGACCACCACCUUCCUGUUCUAAGUACUAGCGCCGCAGGAGUGUUUACAUCUCUUUUGGUAUAUUAAAUUCACUCCUGCAGCCUUGGUGCUUACUAUGGGACGGUGCAGGGUAAAUUAGUAAAUUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAUCGACUGAAUGACCAC--| U UC C C UGUUUACAUCUCUUU CACC UCCUGU UAAGUACUAG GC GCAGGAG \ GUGG AGGGUA AUUCGUGGUU CG CGUCCUC U AUUAAAUGAUUAAAUGGGAC^ C UC C A ACUUAAAUUAUAUGG 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tur-Mir-252-P2-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0023076 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUAAGUACUAGCGCCGCAGGAG -22
Get sequence
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| Star sequence | Tur-Mir-252-P2-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0023077 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
55- CCUGCAGCCUUGGUGCUUACUA -77
Get sequence
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| Variant | Tur-Mir-252-P2-v2 |
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| Seed | AAGUACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUCGACUGAAUGACCACCACCUUCCUGUUCUAAGUACUAGCGCCGCAGGAGUGUUUACAUCUCUUUUGGUAUAUUAAAUUCACUCCUGCAGCCUUGGUGCUUACUAUGGGACGGUGCAGGGUAAAUUAGUAAAUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUCGACUGAAUGACCAC--| U UC C C GUUUACAUCUCUUU CACC UCCUGU UAAGUACUAG GC GCAGGAGU \ GUGG AGGGUA AUUCGUGGUU CG CGUCCUCA U UUAAAUGAUUAAAUGGGAC^ C UC C A CUUAAAUUAUAUGG 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tur-Mir-252-P2-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0023076 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAGUACUAGCGCCGCAGGAGU -22
Get sequence
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| Star sequence | Tur-Mir-252-P2-v2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0023077 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
53- UCCUGCAGCCUUGGUGCUUACU -75
Get sequence
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