| MirGeneDB ID | Bla-Mir-252-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-252 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | European lancelet (Branchiostoma lanceolatum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bla-Mir-252-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-252-P2 Aga-Mir-252-P2 Agr-Mir-252-P2 Bfl-Mir-252-P2 Bge-Mir-252-P2-v1 Cbr-Mir-252-P2 Cel-Mir-252-P2 Csc-Mir-252-P2k Csc-Mir-252-P2l-v1 Cte-Mir-252-P2 Dan-Mir-252-P2-v1 Dlo-Mir-252-P2 Dma-Mir-252-P2-v1 Dme-Mir-252-P2-v1 Dmo-Mir-252-P2-v1 Dpu-Mir-252-P2-v1 Dsi-Mir-252-P2-v1 Dya-Mir-252-P2-v1 Eba-Mir-252-P2 Gpa-Mir-252-P2 Hme-Mir-252-P2 Hru-Mir-252-P2 Isc-Mir-252-P2-v1 Lan-Mir-252-P2 Lgi-Mir-252-P2 Llo-Mir-252-P2 Lpo-Mir-252-P2c Lpo-Mir-252-P2d Mgi-Mir-252-P2 Mom-Mir-252-P2 Npo-Mir-252-P2 Ofu-Mir-252-P2 Pau-Mir-252-P2 Pcr-Mir-252-P2 Pdu-Mir-252-P2 Pfl-Mir-252-P2 Pmi-Mir-252-P2 Pve-Mir-252-P2 Sko-Mir-252-P2 Snu-Mir-252-P2 Spu-Mir-252-P2 Tca-Mir-252-P2 Tur-Mir-252-P2-v1 War-Mir-252-P2 Xbo-Mir-252-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (BraLan2) |
Sc0000329: 50179-50239 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-252-P2) |
Mir-252-P2
Sc0000329: 50179-50239 [-]
Ensembl
Mir-252-P1-v2 Sc0000329: 50650-50718 [-] Ensembl Mir-252-P1-v1 Sc0000329: 50652-50716 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAAGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGAAGUGCCAGUGAGUGGUCUGCACCAUGCUAAGUACUAGUGCCGCAGGUGUCUGUGUUUACUUGCACCCCUGCAGACUGGUGCUUAACAUGGGACAGGUACUACAGUCACCUAGCUAUUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAGAAGUGCCAGUGAGUGG--| CA C GCC U CUGUGU UCUG CCAUG UAAGUACUAGU GCAGG GU U GGAC GGUAC AUUCGUGGUCA CGUCC CA U UUAUCGAUCCACUGACAUCAU^ AG A GA- C CGUUCA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Bla-Mir-252-P2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUAAGUACUAGUGCCGCAGGUGU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Bla-Mir-252-P2_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CCCCUGCAGACUGGUGCUUAACA -61
Get sequence
|
