| MirGeneDB ID | Xbo-Mir-252-P1g | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-252 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Xenoturbella (Xenoturbella bocki) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xbo-Mir-252-P1h Xbo-Mir-252-P1i Xbo-Mir-252-P1j Xbo-Mir-252-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-252-P1 Asu-Mir-252-P1 Bfl-Mir-252-P1-v1 Bge-Mir-252-P1 Bla-Mir-252-P1-v1 Cbr-Mir-252-P1 Cel-Mir-252-P1 Cte-Mir-252-P1 Dgr-Mir-252-P1 Dlo-Mir-252-P1 Dma-Mir-252-P1 Dpu-Mir-252-P1 Eba-Mir-252-P1 Esc-Mir-252-P1 Hme-Mir-252-P1 Hmi-Mir-252-P1 Hru-Mir-252-P1 Isc-Mir-252-P1 Lan-Mir-252-P1 Lgi-Mir-252-P1 Lhy-Mir-252-P1 Llo-Mir-252-P1 Mgi-Mir-252-P1 Mom-Mir-252-P1 Npo-Mir-252-P1 Obi-Mir-252-P1 Ofu-Mir-252-P1 Ovu-Mir-252-P1 Pau-Mir-252-P1 Pca-Mir-252-P1 Pdu-Mir-252-P1 Pfl-Mir-252-P1 Pmi-Mir-252-P1 Rph-Mir-252-P1 Sko-Mir-252-P1 Snu-Mir-252-P1 Spu-Mir-252-P1 Tca-Mir-252-P1 Tur-Mir-252-P1 War-Mir-252-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. bocki | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (genome.xe) |
scaffold836: 42917-42972 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-252-P1g) |
Mir-252-P2
scaffold836: 41595-41649 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-252-P1g scaffold836: 42917-42972 [-] UCSC Ensembl Mir-2001 scaffold836: 44083-44141 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAAGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACAAAGAAGUUUGUUUUGGCGGUGGCCUCUCUAAGUAGUAGUGCCGCAGGUAAGAACGUAAAUUACCUGCACAUUGCUGCUUAUUCAGGACGCUGGCCCCAUUCUACGAAAAAAAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 ACAAAGAAGUUUGUUUU- -| G CUC CC AGAAC GG CGGUG CCU UAAGUAGUAGUG GCAGGUA \ CC GUCGC GGA AUUCGUCGUUAC CGUCCAU G AAAAAAAAGCAUCUUACC G^ A CUU A- UAAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Xbo-Mir-252-P1g_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUAAGUAGUAGUGCCGCAGGUA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Xbo-Mir-252-P1g_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- CCUGCACAUUGCUGCUUAUUC -56
Get sequence
|
