| MirGeneDB ID | Dsi-Mir-252-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-252 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila simulans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dsi-mir-1002 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dsi-Mir-252-P1a Dsi-Mir-252-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-252-P1 Asu-Mir-252-P1 Bfl-Mir-252-P1-v1 Bge-Mir-252-P1 Bla-Mir-252-P1-v1 Cbr-Mir-252-P1 Cel-Mir-252-P1 Cte-Mir-252-P1 Dan-Mir-252-P1b Dgr-Mir-252-P1 Dlo-Mir-252-P1 Dma-Mir-252-P1 Dme-Mir-252-P1b Dmo-Mir-252-P1b Dpu-Mir-252-P1 Dya-Mir-252-P1b Eba-Mir-252-P1 Esc-Mir-252-P1 Hme-Mir-252-P1 Hmi-Mir-252-P1 Hru-Mir-252-P1 Isc-Mir-252-P1 Lan-Mir-252-P1 Lgi-Mir-252-P1 Lhy-Mir-252-P1 Llo-Mir-252-P1 Mgi-Mir-252-P1 Mom-Mir-252-P1 Npo-Mir-252-P1 Obi-Mir-252-P1 Ofu-Mir-252-P1 Ovu-Mir-252-P1 Pau-Mir-252-P1 Pca-Mir-252-P1 Pdu-Mir-252-P1 Pfl-Mir-252-P1 Pmi-Mir-252-P1 Rph-Mir-252-P1 Sko-Mir-252-P1 Snu-Mir-252-P1 Spu-Mir-252-P1 Tca-Mir-252-P1 Tur-Mir-252-P1 War-Mir-252-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_simulans.ASM75419v3.dna.toplevel) |
2L: 13295102-13295164 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-252-P1b) |
Mir-252-P1b
2L: 13295102-13295164 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-252-P1a 2L: 13295261-13295324 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAAGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUAAUCGGAAAUAUUUAGAAAUUAUAUAUUUAAGUAGUGGAUACAAAAGGCGAUUUGAUAUAAAAGUAUCGCAUUGUAUGGCCUACUUAACUAGCUGAUUUUGUAUUCCAACAUAAAAUGCUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAUAAUCGGAAAUAUUUA--| UA U UGG AAG UUUGAUA GAAAUUA UA UUAAGUAG AUACAA GCGA \ UUUUAGU AU AAUUCAUC UAUGUU CGCU U UCGUAAAAUACAACCUUAUG^ CG C CGG A-- AUGAAAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dsi-Mir-252-P1b_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0012439 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUAAGUAGUGGAUACAAAAGGCGA -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Co-mature sequence | Dsi-Mir-252-P1b_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0012440 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- GCAUUGUAUGGCCUACUUAACU -63
Get sequence
|
