MirGeneDB ID | Dre-Mir-193-P2b1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-193 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAUGCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dre-mir-365-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dre-Mir-193-P1a Dre-Mir-193-P1b1 Dre-Mir-193-P1b2 Dre-Mir-193-P2a Dre-Mir-193-P2b2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-193-P2b Ami-Mir-193-P2b Bge-Mir-193-P2 Bta-Mir-193-P2b Cbr-Mir-193-P2-v1 Cbr-Mir-193-P2-v2 Cel-Mir-193-P2-v1 Cel-Mir-193-P2-v2 Cfa-Mir-193-P2b Cgi-Mir-193-P2 Cli-Mir-193-P2b Cmi-Mir-193-P2b Cpi-Mir-193-P2b Cpo-Mir-193-P2b Cte-Mir-193-P2 Dno-Mir-193-P2b Ebu-Mir-193-P2 Ete-Mir-193-P2b Gga-Mir-193-P2b Gja-Mir-193-P2b Hme-Mir-193-P2 Hsa-Mir-193-P2b Lch-Mir-193-P2b Lgi-Mir-193-P2 Loc-Mir-193-P2b Mml-Mir-193-P2b Mmu-Mir-193-P2b Mun-Mir-193-P2b Oan-Mir-193-P2b Ocu-Mir-193-P2b Pbv-Mir-193-P2b Pfl-Mir-193-P2 Pma-Mir-193-P2 Pmi-Mir-193-P2 Rno-Mir-193-P2b Sha-Mir-193-P2b Sko-Mir-193-P2 Spt-Mir-193-P2b Spu-Mir-193-P2 Sto-Mir-193-P2b Tca-Mir-193-P2 Tgu-Mir-193-P2b Xbo-Mir-193-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (danRer11) |
chr3: 35961006-35961067 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-193-P2b1) |
Mir-193-P1b1
chr3: 35959932-35959993 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-193-P2b1 chr3: 35961006-35961067 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAGAGGACCCAAAAGGCAGCAAGAAAAAUGAGGGACUUUUAGGGGCAGCUGUGUUUUAUUAACCCAGUCAUAAUGCCCCUAAAAAUCCUUAUUGCUCUUGCAAUUUUCAGCGUCCCUGCGUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AAGAGGACCCAAAAGGCA---| AA AC GC UUUUAUU GCAAGA AAUGAGGG UUUUAGGGGCA UGUG \ CGUUCU UUAUUCCU AAAAUCCCCGU AUAC A GUGCGUCCCUGCGACUUUUAA^ CG A- A- UGACCCA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Drosha cut on the 5p arm -1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Dre-Mir-193-P2b1_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGGACUUUUAGGGGCAGCUGUG -23
Get sequence
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Mature sequence | Dre-Mir-193-P2b1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0001875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UAAUGCCCCUAAAAAUCCUUAU -62
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-365 |