| MirGeneDB ID | Cbr-Mir-22-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-22 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis briggsae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cbr-mir-1822 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cbr-Mir-22-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-22-P2 Aga-Mir-22-P2 Agr-Mir-22-P2 Asu-Mir-22-P2 Bfl-Mir-22-P2a Bfl-Mir-22-P2b Bfl-Mir-22-P2c Bge-Mir-22-P2 Bla-Mir-22-P2a Bla-Mir-22-P2b Bla-Mir-22-P2c Cel-Mir-22-P2 Csc-Mir-22-P2 Cte-Mir-22-P2 Dan-Mir-22-P2 Dlo-Mir-22-P2 Dma-Mir-22-P2 Dme-Mir-22-P2 Dmo-Mir-22-P2 Dpu-Mir-22-P2 Dsi-Mir-22-P2 Dya-Mir-22-P2 Eba-Mir-22-P2 Esc-Mir-22-P2 Gpa-Mir-22-P2 Hme-Mir-22-P2 Hru-Mir-22-P2 Isc-Mir-22-P2 Lan-Mir-22-P2 Lgi-Mir-22-P2 Lhy-Mir-22-P2 Llo-Mir-22-P2 Lpo-Mir-22-P2f Lpo-Mir-22-P2g Lpo-Mir-22-P2h Lpo-Mir-22-P2i Mgi-Mir-22-P2 Mom-Mir-22-P2 Npo-Mir-22-P2 Ofu-Mir-22-P2j Ofu-Mir-22-P2k Ovu-Mir-22-P2 Pau-Mir-22-P2 Pca-Mir-22-P2 Pcr-Mir-22-P2l Pcr-Mir-22-P2m Pdu-Mir-22-P2 Pfl-Mir-22-P2 Pmi-Mir-22-P2 Pve-Mir-22-P2 Rph-Mir-22-P2 Sko-Mir-22-P2 Snu-Mir-22-P2 Spu-Mir-22-P2 Tca-Mir-22-P2-v1 Tur-Mir-22-P2 War-Mir-22-P2 Xbo-Mir-22-P2d Xbo-Mir-22-P2e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (CB4) |
II: 9704350-9704413 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-22-P2-v2) |
Mir-22-P2-v1
II: 9704350-9704413 [-]
Ensembl
Mir-22-P2-v2 II: 9704350-9704413 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Cbr-Mir-22-P2-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAGCUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUUUUAUUCAAAGUCUAGAAAGGUCCGAGAGCCUAUCCCGGAACGCUAUCGGUUGCACUUUUCAAAAAACCGAGCUGCCCGGGGAUAGACUCUUGGCUUCAGAAAGACAUUAUUUUAUUAUGCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUUUUAUUCAAAGUCUA-----| AA U C - AAC UA- UGCACUU GA GG CCGAGAG CUAUCCC GG GC UCGGU \ CU UC GGUUCUC GAUAGGG CC CG AGCCA U CGUAUUAUUUUAUUACAGAAAGA^ -- - A G --- UCG AAAAACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cbr-Mir-22-P2-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCCUAUCCCGGAACGCUAUCGGU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cbr-Mir-22-P2-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0011481 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- CGAGCUGCCCGGGGAUAGACUCU -64
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Cbr-Mir-22-P2-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGCUGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUUUUAUUCAAAGUCUAGAAAGGUCCGAGAGCCUAUCCCGGAACGCUAUCGGUUGCACUUUUCAAAAAACCGAGCUGCCCGGGGAUAGACUCUUGGCUUCAGAAAGACAUUAUUUUAUUAUGCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUUUUAUUCAAAGUCUA-----| AA U C - AAC UA- UUGCACUU GA GG CCGAGAG CUAUCCC GG GC UCGG \ CU UC GGUUCUC GAUAGGG CC CG AGCC U CGUAUUAUUUUAUUACAGAAAGA^ -- - A G --- UCG AAAAAACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cbr-Mir-22-P2-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCCUAUCCCGGAACGCUAUCGG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cbr-Mir-22-P2-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0011481 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- GAGCUGCCCGGGGAUAGACUCU -64
Get sequence
|
